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Motif-discovery:通过AI算法和python完成主题发现
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2021-05-02
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输入的是n个字符串(s1,s2,…,sn),每个字符串的长度为m,分别来自字母Σ和两个整数l和d。 找到所有| x |的字符串x = l,并且每个输入字符串在汉明距离最多为d的情况下至少包含x的一个变体。 每个这样的x称为(l,d)主题。 例如,如果输入字符串是GCGCGAT,CACGTGA和CGGTGCC,则为0。 如果l = 3且d = 1,则GGT是关注的主题。 请注意,第一个输入字符串将GAT作为子字符串,第二个输入字符串将CGT作为子字符串,第三个输入字符串将GGT作为子字符串。 GAT是GGT的变体,与GGT等的汉明距离在1的汉明距离之内。将出现在输入字符串中的变体的变体称为该变体的实例。 例如,GAT是出现在第一个输入字符串中的主题GGT的一个实例。
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Motif-discovery-master.zip (11个子文件)
Motif-discovery-master
.gitignore 1KB
README.md 810B
ant-colony.py 2KB
simulated-annealing.py 2KB
LICENSE 1KB
common.py 8KB
pso.py 2KB
__init__.py 0B
genetic-algorithm.py 5KB
hill-climbin.py 3KB
ids.py 2KB
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