Nuc-PF:动态核小体景观的代码引发了一个新的非规范的GATA2先锋模型。

Nuc-PF 介绍 Nuc-PF是使用多个组蛋白修饰数据集训练核小体足迹的工具的集合，以发现潜在的先驱因子法规。 我们已经成功地使用Nuc-PF来发现GATA2作为LNCap细胞系的先驱因子。 如果您希望关注与PF相关的状态（Nuc-PF的下游），尽管Nuc-PF支持多个PF，我们建议仅使用感兴趣的PF。 快速入门和依赖项 Nuc-PF是用python脚本编写的，可以在任何x86 64位Linux系统上运行，但是强烈建议使用RAM数GB的计算机，以免出现内存不足的错误。 所需的库： numpy ： : //www.numpy.org/ Scipy ： ： Pysam的： : 水泥： ： Treelib的： : Networkx ： : //networkx.github.io/ 步骤1：核小体定位和间隔检测。 对于此管道，首选具有MNase-ChIP-seq数据