ARES:抗生素抗性进化模拟器-开源

ARES（抗生素抗性进化模拟器）是一种基于膜计算的模型，能够模拟复杂的生物景观。 它使用以XML文件格式设置的嵌套膜包围实体方案。 创建的场景将实体模拟为：i）能够对抗生素进行解毒的抗性基因。 这些基因可以位于质粒中，在接合元件中或在染色体中。 ii）在细菌细胞之间转移基因的质粒和结合元件； iii）细菌细胞； iv）细菌物种共存的单个微生物群； v）含有微生物集合体的宿主； vi）包含主机的环境。 根据一组预先建立的规则，我们的模型有利于同时分析感兴趣的几个特征，以预测控制抗生素抗性的多级进化生物学的规则。 可以使用ARES xml生成器服务器准备ARES的输入：http://gydb.org/ares。