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cgdms:具有粗粒度潜力的蛋白质的微分分子模拟
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具有粗粒度潜力的蛋白质的微分分子模拟 该存储库包含本文的学习潜力,仿真脚本和培训代码: Greener JG和Jones DT,微分分子模拟可以学习蛋白质的粗粒度力场中的所有参数bioRxiv(2021)- 它提供了cgdms Python软件包,可用于模拟任何蛋白质并在论文中复制结果。 安装 需要Python 3.6或更高版本。 该软件与操作系统无关。 根据您的系统安装 1.6或更高版本。 GPU不是必需的,但建议使用GPU,因为在CPU上进行仿真的速度较慢。 但是,根据硬件的不同,在CPU上运行的速度大约要比GPU慢3倍,因此仍然可行。 运行pip install cgdms ,如果尚不存在,还将安装 , 和 。 该软件包占用约75 MB的磁盘空间。 用法 在Unix系统上,可执行cgdms将在安装过程中添加到路径中。 在Windows上,如果您无法访问可执行文件,则可以使用p
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cgdms:具有粗粒度潜力的蛋白质的微分分子模拟 (2000个子文件)
README.md 9KB
cgdms.py 33KB
setup.py 944B
__init__.py 21B
train.txt 14KB
5KF4_A.txt 10KB
5N5E_A.txt 9KB
5ZZN_U.txt 9KB
4IOS_A.txt 9KB
4KU0_D.txt 9KB
5Z25_A.txt 9KB
5B1A_F.txt 9KB
4ML7_B.txt 9KB
3WMQ_A.txt 9KB
6FLC_G.txt 9KB
2XCM_C.txt 9KB
4UZ3_A.txt 9KB
3QMQ_A.txt 9KB
3GWK_C.txt 9KB
6R6M_B.txt 8KB
5KUX_A.txt 8KB
6BIE_A.txt 8KB
6G6K_A.txt 8KB
5FWZ_A.txt 8KB
5DS2_A.txt 8KB
1BJA_A.txt 8KB
2WPQ_A.txt 8KB
1JO0_A.txt 8KB
5ILU_A.txt 8KB
4KHA_B.txt 8KB
5OL4_A.txt 8KB
6DS7_A.txt 8KB
2QN6_B.txt 8KB
5FC9_A.txt 8KB
2H3N_A.txt 8KB
2A6H_E.txt 8KB
3LHC_A.txt 8KB
1UB9_A.txt 8KB
1T1D_A.txt 8KB
5VIT_C.txt 8KB
4JIV_D.txt 8KB
2H0D_B.txt 8KB
1CQY_A.txt 8KB
2NZ7_A.txt 8KB
6IUF_A.txt 8KB
6F63_A.txt 8KB
3PDG_A.txt 8KB
5YBC_A.txt 8KB
6QJK_A.txt 8KB
2XRH_A.txt 8KB
1ODV_A.txt 8KB
6JCC_A.txt 8KB
3GLA_A.txt 8KB
5GNA_A.txt 8KB
2KIN_B.txt 8KB
4LBH_A.txt 8KB
3F1I_H.txt 8KB
6MSV_A.txt 8KB
4LL7_A.txt 8KB
1PSR_A.txt 8KB
2QJL_A.txt 8KB
5KLE_A.txt 8KB
4Q2P_A.txt 8KB
1MN8_A.txt 8KB
6ELM_A.txt 8KB
5C5A_A.txt 8KB
3PC8_A.txt 8KB
2AIB_A.txt 8KB
4E5X_G.txt 8KB
2PA8_L.txt 8KB
1ZVN_A.txt 8KB
3ONJ_A.txt 8KB
1K5N_B.txt 8KB
5AZW_A.txt 8KB
6E28_C.txt 8KB
5ZYS_A.txt 8KB
6F3T_E.txt 8KB
3IP4_C.txt 8KB
5HHE_A.txt 8KB
6CQG_A.txt 8KB
1G1C_A.txt 8KB
5TZM_A.txt 8KB
4PZ1_A.txt 8KB
2EPI_A.txt 8KB
5DHD_A.txt 8KB
5CEG_A.txt 8KB
4NJ6_A.txt 8KB
2DYJ_A.txt 8KB
4DRI_B.txt 8KB
3FT1_A.txt 8KB
3PO8_A.txt 8KB
4C92_E.txt 8KB
4FP5_D.txt 8KB
1UW4_A.txt 8KB
1CWD_L.txt 8KB
2GAG_D.txt 8KB
2BK8_A.txt 8KB
3MQI_A.txt 8KB
3JST_A.txt 8KB
5VK6_C.txt 8KB
共 2000 条
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