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交响乐 使用Symphony进行高效,精确的单细胞参考图谱映射 安装 使用以下命令从安装当前版本的Symphony: # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " immunogenomics/symphony " ) 安装注意事项: 您可能需要安装最新版本的devtools(因为GitHub最近从“ master”更改为“ main”,这可能会导致install_github失败)。 您可能还需要安装最新版本的Harmony: devtools :: install_github( " immunogenomics/harmony " ) 用法/演示 讲解 查看,以获取有关如何构建自定义引用并将其映射的示例。 请查看以获取有关如何根据手稿中的数据集映射到所提供的Symphony参考的示例。 下载预构建
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symphony-main.zip (56个子文件)
symphony-main
.gitattributes 1KB
vignettes
pbmcs_tutorial.ipynb 288KB
libs.R 313B
prebuilt_references_tutorial.ipynb 1.18MB
data
pancreas_baron_mouse_biomart_homologene_exp.rds 132B
exprs_norm_all.rds 133B
pancreas_baron_human_exp.rds 133B
pancreas_baron_mouse_metadata.rds 130B
fetal_liver_exprs_5p.rds 134B
pancreas_baron_human_metadata.rds 130B
meta_data_subtypes.csv 132B
fetal_liver_meta_5p.rds 131B
utils.R 5KB
NAMESPACE 628B
pre-built_references
fetal_liver_reference_3p.rds 134B
pbmcs_10x_reference.rds 133B
pancreas_plate-based_reference.rds 132B
pancreas_plate-based_uwot_model 132B
README.md 1KB
pbmcs_10x_uwot_model 133B
fetal_liver_uwot_model 133B
DESCRIPTION 1KB
src
singlecellmethods.cpp 9KB
Makevars 64B
Makevars.win 100B
RcppExports.cpp 14KB
utils.cpp 3KB
.gitignore 15B
R
buildReference.R 6KB
globals.R 57B
symphony-package.R 178B
findVariableGenes.R 4KB
mapQuery.R 5KB
buildReferenceFromHarmonyObj.R 3KB
RcppExports.R 3KB
plotReference.R 4KB
utils.R 7KB
configure 164B
.Rbuildignore 224B
LICENSE 46B
LICENSE.md 1KB
README.md 5KB
man
buildReferenceFromHarmonyObj.Rd 1KB
figures
README-pressure-1.png 7KB
symphony_logo.png 53KB
._symphony_logo.png 4KB
mapQuery.Rd 993B
plotReference.Rd 1KB
moe_correct_ref.Rd 627B
soft_cluster.Rd 549B
knnPredict.Rd 447B
buildReference.Rd 1KB
symphony.Rd 241B
compute_ref_cache.Rd 510B
.gitignore 175B
README.Rmd 5KB
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一枝清荷
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