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TTClust:聚类分子动力学轨迹(琥珀色,gromacs,charm,namd,pdb ...)
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2021-05-07
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TTClust:分子模拟聚类程序 描述 TTclust是用于将分子动力学模拟轨迹聚类的python程序。 它只需要一个轨迹和一个拓扑文件(由于使用了MDtraj包,因此与大多数分子动力学程序包(例如Amber,Gromacs,Chramm,Namd或PDB格式的轨迹)兼容)。 该程序易于使用,可通过树状图生成视觉的聚类反馈。 其他图形表示形式也用于描述所有群集(有关更多详细信息,请参见“输出示例”部分)。 Python兼容性 该程序与python 2.7.x和3.x兼容。 您可以使用python 3.x对matplotlib发出警告,但该程序仍然可以正常工作 ## GUI如果要使用图形用户界面,则可以在ttclustgui之后安装ttclust (使用pip )。 链接到GUI: : 安装 与Conda一起安装 如果您想轻松安装ttclust,我建议执行以下步骤: 如果您没有安装co
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TTClust-master.zip (22个子文件)
TTClust-master
recipes
meta.yaml 1KB
images
ttclust_logo.png 75KB
ttclust-GUI.png 88KB
requirements.txt 311B
create_envir_with_ttclust.yml 218B
ttclust
ttclust.py 48KB
__init__.py 32B
version.py 22B
examples
backbone
backbone.log~ 9KB
backbone.log 7KB
backbone-dist.png 154KB
RMSD_between_clusters.csv 625B
backbone-linear.png 36KB
backbone-den.png 132KB
backbone-distmat.png 1.98MB
backbone-hist.png 131KB
example.xtc 8.4MB
example.pdb 181KB
LICENSE 69KB
environment.yml 193B
setup.py 1KB
README.md 15KB
共 22 条
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