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vcf-annotator:向给定 VCF 文件中的变体添加生物学注释
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2021-05-29
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vcf-annotator使用参考 GenBank 文件为 VCF 中的变体调用添加更多详细信息。 vcf-注释器 使用参考 GenBank 文件, vcf-annotator将生物学注释添加到 VCF 文件中的变体。 下面描述了完整的注释列表,其中包括氨基酸变化、基因信息、同义与非同义、基因座标签信息等等。 添加注释 对于每个突变,如果适用,将在 VCF 的 INFO 列中添加以下注释。 注解 描述 参考密码子 参考密码子 替代密码子 替代密码子 精氨基酸 参考氨基酸 氨基酸 替代氨基酸 密码子位置 基因中的密码子位置 SNPCCodon位置 密码子中的 SNP 位置 氨基酸变化 氨基酸变化 是同义词 0:非同义,1:同义,9:不适用或未知 是过渡 0:transversion, 1:transition, 9:N/A 或 Unknown 基因 0:基因间,1:基因 是伪 0:非伪,
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vcf-annotator-master.zip (10个子文件)
vcf-annotator-master
.github
FUNDING.yml 721B
vcf-annotator.py 15KB
requirements.txt 29B
LICENSE 1KB
README.md 4KB
example-data
example-multi.gb 13.14MB
example.gb 6.57MB
example.vcf 2.8MB
example-multi.vcf 22KB
.gitignore 10B
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