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metabolizer:用于在代谢途径中分析转录组(和突变)数据的网络工具
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2021-04-29
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代谢者 在这里,您可以找到Metabolizer工具的R脚本以及其用法的一些玩具示例。 除此R代码外,您还可以使用Metabolizer网络服务器执行代谢模块活动的分析,为: : 在这里,您可以找到大约的路径模块。 3400种生物已准备好通过Metabolizer进行分析。 org是生物体的代码。 检查生物列表/sharedData/KEGG_organism_codes.txt未对从KEGG中删除的生物进行建模。 删除的KEGG生物: : 对于每种生物,您将发现: org_module_data_April2019.RData (图形格式的模块;此文件是分析所必需的,并由metabolizer函数通过moduleinfo参数使用。请检查 ) org_geneIDs.RData (用于基因ID转换;此文件对于分析是必需的) org_KEGG_module_and_pa
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metabolizer-develop.zip (39个子文件)
metabolizer-develop
metabolizer-web-master
.gitignore 70B
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Leaf_icon_03.svg 4KB
Leaf_icon_03.svg.png 14KB
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package.json 463B
src
module-activity-form.html 21KB
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module-prediction-form.html 27KB
metabolizer-home.html 4KB
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build.js 2KB
LICENSE.txt 34KB
README.md 310B
metabolizer-element.html 23KB
favicon.ico 1KB
conf
hsa_valid_module_genes.txt 3KB
theme.html 2KB
valid_hgnc_module_genes.txt 3KB
dre_valid_module_genes.txt 4KB
drugmap.json.gz 210KB
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cel_valid_module_genes.txt 3KB
mmu_valid_module_genes.txt 3KB
valid_hgnc_signaling_genes.txt 13KB
test-apps.json 3KB
config.js 567B
rno_valid_module_genes.txt 4KB
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genemap.json.gz 45KB
dme_valid_module_genes.txt 4KB
bower.json 524B
metabolizer-index.html 3KB
README.md 2KB
metabolizer.git
data.tar.gz 3.88MB
script
analysis
example.R 3KB
tcga_brca_example.RData 159KB
hsa_module_data_March2019.RData 296KB
hsa_moduleinfo.RData 6KB
utils
functions.main.14032019.R 19KB
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