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TopoStats:一个AFM图像分析程序,用于批量处理数据并从图像中获取统计信息
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2021-05-18
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统计数据 一个AFM图像分析程序,用于批量处理数据并从图像中获取统计信息 使用“ pygwytracing”脚本执行图像处理 该算法以递归方式搜索用户定义目录中的文件。 此搜索还排除了格式为“ _cs”的任何文件,这些文件是Nanoscope Analysis软件导出的裁剪文件。 使用gwyddion功能加载AFM图像,并使用choosechannels功能自动选择地形数据。 使用imagedetails函数确定每个图像的像素大小和尺寸,该功能允许所有输入均以实际值(即纳米值)代替像素值来指定。 这对于分辨率不断变化的数据集尤其重要。 基本图像处理在使用以下功能的功能编辑文件中执行:“对齐行”以消除扫描线之间的偏移; “水平”去除样本倾斜作为一阶多项式; “扁平基础”,它结合了方面和多项式水平以及自动遮罩; “ zeromean”将图像的平均值(即背景)设置为零。 采用3.5像素(1-2
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TopoStats-master.zip (27个子文件)
TopoStats-master
dnatracing.py 32KB
contributing.md 2KB
COPYING 34KB
statsplotting.py 37KB
gwyconda.yml 726B
tracingfuncs.py 36KB
Angles.py 4KB
pygwytracing.py 38KB
splitstatsplotting.py 15KB
COPYING.LESSER 7KB
TFOplot.py 5KB
assets
issues-prs.png 27KB
push.png 5KB
pull-request.png 53KB
stage.png 95KB
pycharm-branch.png 109KB
commit.png 172KB
minicircle.spm 32.08MB
README.md 4KB
docs
make.bat 752B
conf.py 6KB
index.rst 399B
Makefile 580B
traceplotting.py 20KB
.gitignore 204B
.readthedocs.yaml 575B
heightthresholding.py 5KB
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