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DBS-OCP:DBS用于单核中的开放染色质分析
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2021-03-29
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DBS-OCP DBS用于单核中的开放染色质分析 安装 克隆DBS-OPC github git clone https://github.com/AfshinLab/DBS-OCP 使用conda安装environment.yaml文件的基本环境: conda env create -n dbsopc -f environment.yaml 安装DBS-OPC软件包: pip install . 为了进行开发,可以使用pip install -e .以可编辑模式安装该软件包pip install -e . 。 要在Uppmax Bianca群集上进行安装,请遵循以下。 运行分析 所需输入: 配对的FASTQ文件 BWA索引参考 设置分析目录称为my_workdir : dbsocp init --read1 /path/to/read.1.fastq.gz my_work
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DBS-OCP-main.zip (32个子文件)
DBS-OCP-main
pyproject.toml 142B
environment.yml 527B
.github
workflows
ci.yaml 867B
tests
testdata
reads.1.fastq.gz 448KB
ref.fasta.amb 11B
ref.fasta.pac 24KB
ref.fasta 99KB
ref.fasta.bwt 98KB
ref.fasta.sa 49KB
reads.2.fastq.gz 629KB
ref.fasta.fai 87B
ref.fasta.ann 118B
test_cli.py 2KB
LICENSE 1KB
src
dbsocp
utils.py 3KB
Snakefile 6KB
config.schema.yaml 1KB
__main__.py 2KB
__init__.py 72B
multiqc_config.yaml 1KB
dbsocp.yaml 553B
cli
init.py 3KB
tagfastq.py 9KB
run.py 4KB
__init__.py 0B
config.py 4KB
setup.cfg 927B
doc
knowledge.md 2KB
bianca_install.rst 2KB
setup.py 69B
.gitignore 2KB
README.md 1KB
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cestZOE
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