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BDMM-Prime:针对BEAST 2的BDMM多类型出生/死亡模型的修改实现
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2021-02-12
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BDMM总理 BDMM-Prime项目提供了软件包,用于在结构化和非结构化出生死亡模型下执行系统动力学推断。 BDMM-Prime项目是原始的分支。 目的是扩展原始包装的功能,同时提高其灵活性和易用性。 它包含以下增强功能: 改进的BEAUti界面,可以配置范围更广泛的分析, 非结构化(单一类型)分析的自动回退到分析解决方案, 使用随机映射来采样祖先状态, 一种粒子滤波算法,可对总体轨迹进行联合采样, 大量重构的代码库,旨在使程序包更易于使用,扩展和维护。 由于进行此过渡需要进行许多更改,因此BDMM-Prime与BDMM本身完全不兼容。 因此,原始包将被单独维护,以确保BEAST 2 XML和依赖于该包的包仍然可用。 BDMM-Prime目前仍在开发中,尚未准备通用。 相反,请参考原始的。 但是,如果您有兴趣试用新版本,则可以通过添加作为第三方BEAST软件包存储库并
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BDMM-Prime:针对BEAST 2的BDMM多类型出生/死亡模型的修改实现 (111个子文件)
COPYING 34KB
Dockerfile 161B
.gitignore 357B
.gitignore 85B
commons-lang3-3.4.jar 424KB
BirthDeathMigrationLikelihoodTest.java 87KB
BirthDeathMigrationDistribution.java 41KB
TypeMappedTree.java 30KB
TrajectorySamplerTest.java 24KB
TypeMappedTreeTest.java 23KB
TimedParameterInputEditor.java 19KB
SkylineInputEditor.java 13KB
SampledTrajectory.java 13KB
Parameterization.java 12KB
SmallNumber.java 12KB
SimulatedTree.java 12KB
Particle.java 11KB
TypeTraitSetInputEditor.java 9KB
TimedParameter.java 8KB
P0GeState.java 8KB
EpochVisualizerPanel.java 8KB
EpiParameterization.java 7KB
FBDParameterization.java 7KB
SkylineMatrixParameter.java 6KB
SkylineParameter.java 6KB
ReplacementSampler.java 5KB
CanonicalParameterization.java 5KB
P0GeSystem.java 5KB
SkylineVectorParameter.java 5KB
ParameterizationTest.java 5KB
Trajectory.java 5KB
ObservedSamplingEvent.java 5KB
SkylineVectorValuesTableModel.java 4KB
SkylineMatrixValuesTableModel.java 4KB
SmartScaleOperator.java 4KB
SkylineMatrixInputEditor.java 4KB
SmallNumberTest.java 4KB
TypeSet.java 4KB
MultivariateLogNormal.java 4KB
TypedTreeStatsLogger.java 4KB
ODESystem.java 3KB
Utils.java 3KB
TypedNodeTreeLogger.java 3KB
CrossBirthEvent.java 3KB
P0System.java 3KB
BinomialDistribution.java 3KB
SamplingEvent.java 3KB
SkylineVectorInputEditor.java 2KB
OUSkyGridPrior.java 2KB
TypeChangeEvent.java 2KB
SkyGridPrior.java 2KB
SmartZeroExcludingPrior.java 2KB
MigrationEvent.java 2KB
CoalescenceEvent.java 2KB
Slice.java 2KB
TrajectoryEvent.java 2KB
BirthEvent.java 2KB
NodeAgeLogger.java 2KB
ChangeTimeScaler.java 2KB
UntypedTreeFromTypedTree.java 2KB
ZeroExcludingPrior.java 2KB
RootProbLogger.java 1KB
OptionalLogger.java 1KB
NodeFactory.java 1KB
DeathEvent.java 1KB
TipDatesFromTree.java 1KB
InitializedTraitSet.java 1KB
ScaledNumbers.java 1KB
SimulatedTrajectoryLogger.java 1KB
SkylineValuesTableModel.java 971B
ObservedEvent.java 864B
ParameterizationInputEditor.java 854B
TreeProbEstimateLogger.java 844B
ObservationEndEvent.java 740B
P0State.java 663B
validation.md 7KB
README.md 3KB
compare.org 1KB
traj_distrib_compare.R 5KB
traj_distrib_compare.R 5KB
trajProcessing.R 3KB
traj_simulator.R 2KB
traj_simulator.R 2KB
mttree_prob.R 2KB
validation.Rmd 10KB
validation.Rmd 2KB
LICENSE.xchart 11KB
BDMMPrimeParameterizations.xml 22KB
BDMMPrime.xml 16KB
build.xml 12KB
traj_inference_1type_rhoSA.xml 3KB
traj_inference_1type_rho.xml 3KB
traj_inference_2types_rhoSA.xml 3KB
typesOnly_MCMC.xml 3KB
traj_inference_1type_SA.xml 3KB
traj_inference_1type.xml 3KB
traj_inference_2types.xml 3KB
tree_prior_estimates.xml 3KB
typesOnly_mapping.xml 3KB
traj_and_tree_simulator_2types_rhoSA.xml 3KB
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