MD_simulation_setup:帮助设置分子动力学模拟的脚本

MD_simulation_setup 帮助设置分子动力学模拟的脚本。 gzmat_to_polymod.py 将具有nbackbone主链原子的单体的高斯gzmat文件（ infile ）转换为Z矩阵文件，以与NanoHUB Polymer Modeler一起使用。 用法： python gzmat_to_polymod.py infile nbackbone nbackbone是单体中的主链原子数加上每个末端的2个氢。 输出文件的前缀与扩展名为.polymodzmat的输入文件相同。 请参见使用此脚本构建PLA和PLGA聚合物的示例。 CHARMM-GUI_PLA_to_PLGA 将使用的聚乳酸转换为50:50的聚（乳酸-共-羟基乙酸）。 可以很容易地扩展到任意比例的单体类型。 脚本/PLA_chains_to_PDB.tcl Tcl脚本，用于将多个PLA链从一个PDB文