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CONTRA-开源
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针对目标重测序的拷贝数分析(CONTRA)是一种用于针对目标重测序数据(例如来自全外显子组捕获数据的拷贝数变异(CNV))进行检测的拷贝数变异工具。
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CONTRA.v2.0.8.tar.gz
(48个子文件)
CONTRA.v2.0.8
README.txt
508B
contra.py
20KB
BEDTools.v2.11.2.tar.gz
839KB
bedtools_installation_guide.txt
109B
WGCNV-SINGLE
README.txt
334B
wgcnv.py
1KB
wgcnv_withBAFplot.R
7KB
wgcnv_noBAF.py
1KB
hg19_chrlen.txt
859B
mm9_chrlen.txt
265B
WGCNV-NDE
README.txt
21B
3_wgsummary.R
8KB
hg19_chrlen.txt
882B
1_renorm.py
2KB
wgcnv_wrapper.py
4KB
4_plot.R
5KB
2_process.py
10KB
baseline.py
7KB
scripts
average_count.pyc
5KB
convert_gene_coordinate.pyc
5KB
cn_analysis.v4.R
8KB
assign_bin_number_v2.pyc
3KB
target_breakdown.py
2KB
average_count.py
5KB
assign_bin_number_v2.py
4KB
__init__.pyc
149B
count_libsize.py
1KB
large_region_cbs.R
5KB
cn_apply_threshold.py
3KB
get_chr_length.pyc
869B
target_breakdown.pyc
1KB
vcf_out.py
2KB
convert_targeted_regions.pyc
1KB
cn_apply_threshold.pyc
2KB
vcf_out.pyc
2KB
cn_analysis.v3.R
10KB
__init__.py
0B
convert_gene_coordinate.py
7KB
split_chromosome.pyc
2KB
count_libsize.pyc
633B
get_chr_length.py
1KB
convert_targeted_regions.py
2KB
split_chromosome.py
3KB
NullDistEstimation
README.txt
146B
1_renormAll.py
4KB
2_getExons.py
10KB
3_density.R
4KB
nde_wrapper.py
3KB
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