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GnomAD的冰雹实用程序 此存储库包含一些针对和的实用程序功能和脚本。 随着我们继续扩大数据集的规模,我们一直在寻求寻找减少工作流程复杂性并使这些功能更通用的方法。 结果,随着我们泛化它们的实现以在脚本中更灵活地使用它们,许多这些函数的接口将随着时间而改变。 我们还不断调整我们的代码以适应Hail界面中的常规更改。 因此,这些存储库仅代表gnomAD代码库的快照,并且在没有担保或保证的情况下共享。 因此,我们鼓励用户浏览以识别在其自己的管道中有用的模块和功能,并编辑和重新配置相关代码以适合他们的特定分析和质量控制需求。
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gnomad_methods-master.zip (70个子文件)
gnomad_methods-master
setup.py 1KB
init_scripts
vep85-init.sh 1KB
vep81-init.sh 1KB
sparklyr-init.sh 1KB
master-init.sh 670B
gnomad-init.sh 3KB
.gitignore 1KB
requirements.txt 56B
pyproject.toml 55B
.pre-commit-config.yaml 321B
CONTRIBUTING.md 2KB
LICENSE 1KB
CHANGELOG.md 9KB
.github
workflows
ci.yml 3KB
README.md 1KB
lint 82B
.pylintrc 64B
docs
.gitignore 73B
requirements.txt 91B
index.rst 404B
conf.py 3KB
generate_api_reference.py 4KB
_static
theme_overrides.css 39B
getting_started.rst 1KB
copy_changelog.py 579B
examples
index.rst 58B
vep.rst 1KB
README.md 713B
build.sh 173B
directives.py 2KB
gnomad
variant_qc
training.py 4KB
pipeline.py 17KB
__init__.py 70B
ld.py 4KB
random_forest.py 19KB
evaluation.py 16KB
resources
grch37
gnomad_ld.py 3KB
gnomad.py 6KB
__init__.py 30B
reference_data.py 10KB
grch38
gnomad.py 7KB
__init__.py 30B
reference_data.py 9KB
__init__.py 30B
resource_utils.py 15KB
import_resources.py 4KB
utils
slack.py 5KB
plotting.py 25KB
sparse_mt.py 30KB
__init__.py 178B
filtering.py 12KB
vep.py 20KB
intervals.py 2KB
gen_stats.py 5KB
reference_genome.py 5KB
file_utils.py 3KB
vcf.py 30KB
liftover.py 6KB
annotations.py 35KB
assessment
__init__.py 44B
sanity_checks.py 7KB
summary_stats.py 26KB
sample_qc
pipeline.py 13KB
__init__.py 87B
platform.py 6KB
filtering.py 11KB
relatedness.py 42KB
sex.py 7KB
ancestry.py 10KB
requirements-dev.txt 41B
共 70 条
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