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taxmaps:NGS数据的超高效分类学映射
共23个文件
txm_gem2fq:1个
txm_fqmate:1个
txm_fqsample:1个
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2021-05-03
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taxMaps taxMaps是一种超高效,可定制且完全可扩展的分类学分类工具,用于处理短时读取的数据,旨在处理大型DNA / RNA宏基因组学样本。 它的性能和全面性使其非常适合大规模测序操作中的无偏污染检测,包含大量样品的微生物组研究以及分析传递时间是关键因素的应用,例如从临床或环境样品中鉴定病原体。 版本:0.2 作者:Andre Corvelo taxMaps可免费用于学术和非商业研究目的( )。 特征 灵活的输入.bam , .fastq (压缩/未压缩,是否交错)或任何将.fastq流式.fastq到STDOUT自定义命令 彻底的预处理-质量修整,移除多个适配器,硬修整(5'和3'),低复杂度过滤器。 映射优先级排序-通过使用多个自定义索引(对引入和主机减法有用)。 Performance-taxMaps充分利用了的出色功能和性能。 当使用预压缩索引时,该最新的比
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taxmaps-master.zip (23个子文件)
taxmaps-master
bin
txM_fqltrim 3KB
txM_sge 6KB
txM_fq2gem 3KB
txM_fqintlv 3KB
txM_gitax 4KB
txM_summary 8KB
txM_mapout 3KB
txM_fqhtrim 3KB
txM_rescore 4KB
txM_gem2fq 3KB
txM_lca 6KB
txM_fqmate 3KB
txM_fqsample 3KB
txM_mergintlv 4KB
txM_fqminlen 4KB
txM_report 6KB
txM_fastalen 3KB
doc
img
example_krona.png 254KB
taxMaps-taxtbl 4KB
LICENSE.txt 9KB
README.md 30KB
taxMaps 20KB
taxMaps-index 5KB
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梦小露
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