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Proline-Workflow
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2021-04-08
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使用SearchGUI和Proline分析无标签数据的工作流程 内容 Nextflow文件夹:工作流程的实施 结果文件夹:运行UPS数据集的输出 提供的工作流程基于自动下载的docker映像wombatp / proline-pipeline。 您还可以通过以下命令创建图像: # main.nf workflow image creation from the Nextflow folder docker build -t "wombat/proline-pipeline:dev" . 入门 这是一个小脚本,可用于测试工作流程的执行情况。 该脚本假定Docker在您的系统上可用并且针对Debian / Ubuntu linux发行版。 # Install Java sudo apt-get install openjdk-8-jdk # Fix docker permission i
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Proline-Workflow-dev.zip (47个子文件)
Proline-Workflow-dev
Nextflow
log
PeptideShaker.log 235B
.nextflow
cache
a728b5bb-4d00-401f-93de-42df457c3073
db
000006.log 10KB
000005.sst 10KB
CURRENT 16B
MANIFEST-000004 105B
LOCK 0B
index.adoring_faggin 136B
index.special_noether 136B
history 320B
conf
base.config 799B
test.config 705B
main.nf 12KB
environment.yml 153B
data
lfq_param_file.txt 2KB
UPS1_papierbenchmark.fasta 17KB
exp_design.txt 48B
yeast_UPS.fasta 3.69MB
Dockerfile 3KB
resources
mzidml-core.log 0B
unimod_searcgui_mapping.txt 5KB
nextflow.config 2KB
.github
workflows
docker-image.yml 3KB
Results
VS_DK_2_trace.txt 25KB
VS_DK_2_proline_results_69b807c6-8629-4dc0-9609-6e19a7491d26.xlsx 7.04MB
VS_DK_2_report.html 3.02MB
proteins.csv 869KB
lfq_param_file.txt 2KB
DBO_FR
single_core_exec
report.html 3.02MB
lfq_workflow.conf 2KB
proline_results_03ea6125-d2d9-4340-8706-9a5807216230.xlsx 6.76MB
trace.txt 25KB
exp_design.txt 800B
timeline.html 65KB
polystest_prot_res.csv 1.74MB
peptides.csv 5.54MB
pxd001819.txt 897B
prot_param.yml 189B
pep_param.yml 177B
VS_DK_report.html 3.02MB
VS_DK_timeline.html 65KB
UPS_10Concentrations.html 1.78MB
VS_DK_proline_results_c2f3cb17-8f51-406d-ac10-8933cab624d5.xlsx 7.04MB
README.md 266B
yeast_UPS.fasta 3.69MB
VS_DK_2_timeline.html 65KB
VS_DK_trace.txt 25KB
README.md 2KB
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