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GSAE:https的实现
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2021-04-13
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用深图嵌入揭示RNA二级结构的折叠态 视觉描述 怎么跑 首先,安装依赖项 # clone project git clone https://github.com/ec134/GSAE # install project cd GSAE pip install -e . pip install -r requirements.txt 工作流程 从RNAfold加载数据 从rnafold中,我们得到如下文件 rnafold_output.txt 里面看起来像 GGCGUUUUCGCCUUUUGGCGAUUUUUAUCGCC -14.20 10.00 (.((...(((((....))))).......)).) -5.50 (.(((..(((((....))))).....).)).) -4.20 ((.....(((((....))))).........)
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GSAE-master.zip (29个子文件)
GSAE-master
setup.py 406B
.gitignore 1KB
requirements.txt 83B
data
raw_data
hiv_tar
hiv_tar_sequence.txt 62B
hivtar_100k_subp_n_052020.txt 7.71MB
hob_seq4
seq4_100k_subp_n_052020.txt 3.01MB
seq4_sequence.txt 33B
tebown
teb_100k_subp_n_052020.txt 8.76MB
tebown_sequence.txt 73B
hob_seq3
seq3_sequence.txt 33B
seq3_100k_subp_n_052020.txt 2.01MB
assets
overview.png 386KB
LICENSE 11KB
README.md 5KB
gsae
scattering
scattering.py 3KB
__init__.py 0B
__init__.py 0B
models
__init__.py 0B
gvae_model.py 15KB
gsae_model.py 11KB
gae_model.py 15KB
utils
data_utils.py 0B
__init__.py 0B
eval_metrics.py 7KB
load_splits.py 7KB
data_processing
rnafold2arrays.py 1KB
utils.py 9KB
adj2scatcoeffs.py 5KB
HOWTO.md 3KB
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