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scvis:用于SCVIS库的R包装器
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2021-05-02
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斯维斯 scvis是scvis python软件包的包装,用于减少高维生物学数据(尤其是单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据)的维数。 它改编自 。 依存关系: 张量流> = 1.1 PyYAML> = 3.11 matplotlib> = 1.5.1 numpy的> = 1.11.1 熊猫> = 0.19.1 运行scvis 1, train功能 train功能可用于学习概率参数映射(输入文件的确切目录应根据它们在计算机系统中的实际位置而改变): scvis_train( sce , output_dir , sce_assay = " logcounts " , use_reducedDim = FALSE , reducedDim_name = NULL , config_file = NULL , data_label_file
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scvis-master.zip (22个子文件)
scvis-master
.gitignore 49B
NAMESPACE 31B
vignettes
costs.png 65KB
scvis_results.png 113KB
refs.ris 1KB
scvis-vignette.Rmd 3KB
document.pdf 209KB
R
scvis_train.R 4KB
scvis_map.R 3KB
utils.R 488B
scvis_get_obj_func_results.R 1KB
data
example_sce.RData 19.41MB
.Rbuildignore 28B
man
scvis_map.Rd 1KB
scvis_get_obj_func_results.Rd 509B
scvis_train.Rd 1KB
README.md 3KB
inst
python
run.py 25KB
config
model_config.yaml 349B
scvis.Rproj 356B
DESCRIPTION 770B
scvis_report.pdf 212KB
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林海靖
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