Aquila-master.zip （57个子文件） 
Aquila-master Assembly_based_variants_call 
README.md 4KB README.md 15KB bin Run_phase_alg_multithreads2_GenRef.py 2KB Run_spades_final_MT_2_all_noec_deltemp.py 5KB Extract_INS_allregions.py 10KB Extract_qname_from_phased_molecule_cut_phase_blocks_v3.py 4KB Extract_SV_info_from_contigs_use_overlap_for_del_forcontiginfo.py 15KB Run_microcontigs_all.py 2KB Make_supercontig_based_on_HCbk_from_sam_v5.py 9KB Extract_SV_info_from_contigs_use_shift_for_ins2_forcontiginfo.py 15KB Merge_reads_for_PB_of_merged_libs_v2.py 2KB Aquila_Umap.ipynb 12KB Run_phase_alg_multithreads2.py 2KB Aquila_step1_multilibs.py 15KB Molecule_phase_alg2_withProbModel_v3_MT2_hybrid.py 33KB Aquila_step2.py 5KB Aquila_step0_sortbam.py 2KB Aquila_phasing_all_variants.py 25KB Run_h5_all_multithreads_GenRef.py 27KB Run_extract_reads_for_smallchunks_all_lessmem.py 4KB Aquila_step0_sortbam_multilibs.py 3KB Aquila_assembly_based_variants_call.py 12KB Assign_phase_block_v3.py 13KB Aquila_clean.py 3KB Run_h5_all_multithreads.py 25KB Molecule_phase_alg2_withProbModel_v3_MT2_GenRef.py 34KB Aquila_Contigs_WGS.py 1KB Run_extract_reads_for_smallchunks_all_lessmem_hybrid.py 5KB Extract_DEL_allregions.py 10KB Concatenate_contigs_all_v4_extend_for_HCbk.py 3KB Get_uniqnessmap_for_Aquila.py 2KB Cut_phaseblock_for_phased_h5_v4.0_highconf_v2.py 11KB Extract_SNV_info_from_contigs_forcontiginfo_forall.py 15KB Concatenate_contigs_from_microcontigs.py 3KB
SPAdes-3.13.0-Linux.tar.gz 14.42MB Read_fastqs_from_sortedbam_v2.py 5KB Aquila_step1.py 7KB Generate_highconf_cut_profile_v2.py 7KB paftools paftools.js 79KB Run_phase_alg_multithreads2_hybrid.py 2KB Assign_phase_block_v4.py 16KB Aquila_step1_GenRef.py 8KB Molecule_phase_alg2_withProbModel_v3_MT2.py 33KB k8-0.2.4 k8-Linux 4.73MB README.md 7KB khash.h 21KB k8-Darwin 4.59MB k8.cc 30KB k8.js 18KB Extract_qname_from_phased_molecule_cut_phase_blocks_v3_hybrid.py 4KB LICENSE 1KB ReadMe_Step1_GenRef.md 864B install.sh 957B src submit_step1.sbatch 1KB How_to_get_uniqmap_folder.md 3KB How_to_get_bam_and_vcf.md 780B multiple_nodes.sh 1KB资源评论
穆庭秋
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