varcrunch:在 Apache Crunch 上处理 BAMsSAM 以进行变体调用

VarCrunch VarCrunch 是一种生殖系和体细胞变异调用程序，它使用 Apache (S)Crunch API 在 Hadoop 上运行 变异调用算法本身来自 Guacamole，但 VarCrunch 用作包装器，使用 MapReduce 在 Hadoop 上处理 DNA 测序读取。 用法 建造 mvn -DskipTests=true 跑步 yarn jar yarn- * -job.jar Valid program names are: germline: Standard germline variant caller readdepth-hist: Computes distribution of read depths readdepth-intervals: Computes read depth over a given size interva