Contig构造函数
动机
重叠群是基因组序列。我们想了解周围环境与已知目标序列有关。
方法
依存关系
ContigConstructor是在Python 3.6.8下专门构建的,并使用NumPy 1.17.2。 尽管无法保证,但我们希望ContigConstructor可以在Python 3+上运行。
简易安装
假设已满足依赖关系,则ContigConstructor可以通过以下简单命令使用:
cd <DESTNATION>
git clone https://github.com/princeew/contigconstructor
cd ./contigconstructor
用法
ContigConstructor的主要脚本是build_contig.py。 可以使用以下规范从命令行执行:
build_contig.py [-h] --query_file_path Q
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