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racon:超快速共有模块,用于长的未校正读段的原始从头基因组组装。 http
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2021-05-05
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拉康 共识模块,用于长未校正读段的原始DNA从头组装。 描述 Racon旨在作为独立的共识模块,以纠正不包括共识步骤的快速组装方法生成的原始重叠群。 Racon的目标是与通过使用纠错和共识步骤的组装方法生成的输出相比,生成质量相似或更好的基因组共识,同时提供比那些方法快几倍的速度。 它支持由太平洋生物科学公司和牛津纳米Kong技术公司提供的数据。 Racon可以与Illumina数据或第三代测序产生的数据组装后用作抛光工具。 自动检测输入的数据类型。 Racon仅将三个文件作为输入:FASTA / FASTQ格式的重叠群,FASTA / FASTQ格式的读取和MHAP / PAF / SAM格式的读取和重叠群之间的重叠/对齐。 输出是打印到标准输出的一组FASTA格式的抛光重叠群。 可以使用gzip压缩所有输入文件(这将影响解析时间)。 Racon也可以用作读取错误校正工具。 在这
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racon-master.zip (45个子文件)
racon-master
.travis.yml 1KB
.gitmodules 709B
vendor
bioparser
spoa
googletest
meson.build 1KB
thread_pool
GenomeWorks
edlib
rampler
test
racon_test_config.h.in 170B
racon_test.cpp 19KB
data
sample_reads.fasta.gz 477KB
sample_ava_overlaps.paf.gz 148KB
sample_overlaps.paf.gz 5KB
sample_reference.fasta.gz 15KB
sample_reads.fastq.gz 1.46MB
sample_layout.fasta.gz 14KB
sample_overlaps.sam.gz 683KB
sample_ava_overlaps.mhap.gz 143KB
meson.build 443B
subprojects
zlib.wrap 404B
gtest.wrap 434B
meson.build 4KB
LICENSE 1KB
src
cuda
cudabatch.cpp 9KB
cudapolisher.cpp 16KB
cudaaligner.hpp 3KB
cudaaligner.cpp 3KB
cudapolisher.hpp 3KB
cudautils.hpp 389B
cudabatch.hpp 3KB
window.cpp 5KB
window.hpp 2KB
polisher.cpp 20KB
sequence.cpp 2KB
polisher.hpp 3KB
overlap.cpp 10KB
meson.build 605B
logger.hpp 1KB
sequence.hpp 2KB
version.hpp.in 722B
main.cpp 8KB
logger.cpp 1KB
overlap.hpp 3KB
meson_options.txt 106B
.gitignore 74B
CMakeLists.txt 5KB
Makefile 728B
README.md 7KB
scripts
racon_wrapper.py 10KB
racon_preprocess.py 3KB
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