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TF-Atlas:TF-Atlas项目的代码存储库

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需积分: 5 0 下载量 99 浏览量 2021-03-08 04:53:20 上传评论收藏 718KB ZIP 举报

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TF地图集 TF-Atlas项目的代码存储库

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TF-Atlas-main.zip （49个子文件）

TF-Atlas-main

pipeline

modisco.sh 2KB

create_input_json.py 3KB

cleanup.sh 273B

metrics.sh 2KB

utils.sh 3KB

one_split.json 81B

pipeline_params_ENCSR000BGZ.json 1KB

modeling.sh 3KB

preprocessing.sh 6KB

download.sh 3KB

pipeline.sh 7KB

data

unfiltered_alignments_bams_urls_md5sums.txt 191KB

alignments_bams_urls_md5sums.txt 191KB

metadata_retriever.ipynb 21KB

README 0B

preferred_default_urls_md5sums.txt 43KB

download

README 0B

download_script.sh 2KB

TF_Atlas_CHIPSeq_ExperimentSeries_metadata_qc_metrics.csv 4.13MB

preprocessing

scratch

data_commands.txt 13KB

README 0B

.gitignore 28B

moods

export_modisco.py 4KB

run_moods.sh 358B

awk_moods_to_bed.sh 95B

process_moods_results.py 5KB

gcp

README 0B

docker

Dockerfile 2KB

requirements.txt 25B

scratch

bpnet_commands_ENCSR725VFL.txt 4KB

bpnet_commands_ENCSR000BGZ.txt 5KB

README 0B

bpnet_commands_ENCSR000BSE.txt 4KB

bpnet_commands_ENCSR000DTO.txt 4KB

README 0B

reports

view_tfmodisco_results.ipynb 31KB

showcase_motifs_and_profiles.ipynb 11KB

tomtom.py 8KB

util.py 8KB

moods.py 13KB

fdr_vs_peak_hit_stats.ipynb 10KB

viz_sequence.py 7KB

summarize_motif_hits.ipynb 41KB

cluster_motif_hits_and_peaks.ipynb 17KB

model_performance.ipynb 11KB

README.md 4KB

explore_motif_hits_pval_fdr.ipynb 10KB

README.md 52B

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