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tumorcomparer
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2021-05-16
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抽象的 源自人类肿瘤的细胞系通常用于临床前癌症研究,但某些细胞系可能与肿瘤相差太大,无法成为好的模型。 基因组和分子概况可用于指导适合特定研究的细胞系的选择,但并非所有功能都具有同等相关性。 我们介绍了TumorComparer,这是一种用于比较细胞分布图和灵活性的计算方法,可以灵活地将更多的权重放在目标功能上。 在首次泛癌应用中,我们使用权重强调复发性基因组改变或表达失调,比较了594种细胞系和7975种24种癌症类型的肿瘤。 我们表征了癌症内部和之间的细胞系和肿瘤的相似性,确定异常和标记错误的细胞系以及良好的匹配,并鉴定出具有异常高数量的良好或不良代表性细胞系的癌症。 未来的加权相似性方法可能有助于评估基因组-分子患者概况,以进行临床试验分层和个性化治疗选择。 安装 install.packages("devtools") library(devtools) install_gith
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tumorcomparer (116个子文件)
Weighted_similarity_own_measure_quicker.bak 20KB
run_comparison.bak 12KB
generate_composite_mat_and_gene_weights.bak 8KB
categorize_cell_lines.bak 8KB
plot_mds.bak 6KB
generics.bak 1KB
shiny-server.conf 679B
r-requirements.dcf 501B
r-requirements.dcf 330B
DESCRIPTION 1003B
Dockerfile 665B
Dockerfile 358B
.gitignore 366B
.Rapp.history 0B
tumor_comparer_example.nb.html 1.03MB
about.html 621KB
google-analytics.js 377B
tumorcomparer.json 99B
LICENSE.md 10KB
about.md 6KB
README.md 1KB
README.md 566B
NAMESPACE 2KB
run_comparison.R 14KB
server.R 11KB
test_tumorcomparer.R 9KB
generate_composite_mat_and_gene_weights.R 9KB
categorize_cell_lines.R 8KB
prepare_maf_mutations.R 8KB
Read_in_and_prepare.R 7KB
installPackages.R 6KB
plot_mds.R 6KB
Run_tumorcomparer_for_multiple_cancer_types_quantile_normalized.R 6KB
global.R 6KB
make_balloon_plot_data_from_comparison_result.R 5KB
Run_tumorcomparer_for_multiple_cancer_types.R 5KB
prepare_cosmic_81_mutations.R 5KB
Run_tumorcomparer_for_multiple_cancer_types_cont_exp.R 5KB
plot_joyplot.R 4KB
make_balloon_plot_data_from_mtc.R 4KB
ui.R 3KB
map_mean_similarity_to_gradient.R 3KB
create_binary_mutation_matrix.R 3KB
RunTumorComparerExample_updated.R 2KB
RunTumorComparerExample_updated_cont_exp.R 2KB
postprocessing_results.R 2KB
plot_balloon_plot.R 2KB
prepare_gene_sets.R 1KB
prepare_cosmic_data.R 1KB
pair_dist.R 987B
keep_only_high_level_cnas.R 875B
calc_weighted_corr.R 851B
tic_toc.R 748B
compute_freq_alt.R 646B
misc_functions.R 572B
return_first_part.R 551B
run_shiny_app.R 327B
installPackage.R 309B
convert_to_0_to_1_using_xminusmin_by_maxminusmin.R 304B
data.R 266B
testthat.R 70B
.Rbuildignore 154B
run_comparison.Rd 6KB
generate_composite_mat_and_gene_weights.Rd 3KB
make_balloon_plot_data_from_mtc.Rd 3KB
plot_mds.Rd 2KB
map_mean_similarity_to_gradient.Rd 2KB
categorize_cell_lines.Rd 2KB
make_balloon_plot_data_from_comparison_result.Rd 1KB
pair_dist.Rd 936B
plot_balloon_plot.Rd 890B
keep_only_high_level_cnas.Rd 889B
compute_freq_alt.Rd 728B
calc_weighted_corr.Rd 704B
return_first_part.Rd 704B
plot_joyplot.Rd 680B
convert_to_0_to_1_using_xminusmin_by_maxminusmin.Rd 501B
tic.Rd 475B
tcga_pancan_pathway_genes.Rd 470B
run_shiny_app.Rd 390B
toc.Rd 269B
tcga_pancan_pathway_genes.rda 1KB
ov_comparison_result.rds 7.82MB
ov_composite_mat.rds 167KB
mtc_results_20200331_no_factors.rds 55KB
mtc_results_20200331.rds 55KB
tumor_comparer_example.Rmd 6KB
TumorComparer.Rproj 343B
tumorcomparer.sh 307B
tumor_exp.txt 10.02MB
tumor_exp.txt 4.65MB
tumor_cna.txt 1.77MB
tumor_cna.txt 759KB
Genes_and_weights_exp.txt 508KB
genes_and_weights_exp.txt 484KB
tumor_mut.txt 245KB
cell_line_exp.txt 224KB
cell_line_exp.txt 160KB
tumor_mut.txt 85KB
cell_line_cna.txt 71KB
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米丝梨
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