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OpenDBA:GPU加速的动态时间扭曲(DTW)重心平均
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2021-02-27
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OpenDBA的 GPU加速的动态时间扭曲(DTW)重心平均 tl; dr该代码使大型时序数据集的平均速度比现有的基于单线程CPU的方法至少快100倍,并且作为奖励可生成距离矩阵,从而有助于扭曲的时间序列聚类分析(例如,纳米Kong直接的白盒分析) RNA测序信号)。 编译中 需要CUDA Toolkit 7或更高版本: : 此代码仅在Linux上经过测试。 make 如果要在Compute Capability小于6.1(〜2016之前制造)的GPU上运行此代码,则需要通过以下方式从openDBA.cu中删除对双精度浮点的支持: make DOUBLE_UNSUPPORTED=1 快速开始 首先,请确保您的计算机中装有NVIDIA GPU。 如果您有多达数千个文本文件,每行一个数字,请使用以下命令生成(1)序列距离矩阵和(2)共识序列: openDBA text floa
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OpenDBA-master.zip (94个子文件)
OpenDBA-master
getopt.h 4KB
openDBA.sh 115B
direct_rna_leader_float.txt 32KB
docs
rhinoA_dtw_2_signals_one_with_more_info_open_end_data_ignored_closeup.png 32KB
rhinoA_3_samples_global_scaling.png 1.91MB
rhinoA_two_sample_dtw.png 767KB
rhinoA_2_pass_segmentation.png 892KB
opendba_mem_algo.png 110KB
rhinoA_3seq_raw_signal_dba.png 149KB
rhinoA_dtw_2_signals_one_with_more_info_but_open_end_data_not_ignored.png 766KB
multithreading.cpp 4KB
opendba.yml 703B
tests
wrong_files
wrong_test.fna.idx 233B
wrong.bed 299B
fast5
ohno.fast5 13KB
oops.fast5 70B
wrong.bin 1KB
wrong_test.fast5 0B
wrong_test.fna 334B
wrong.txt 27B
good_files
text
random_distances_colinear.txt 169B
test2
random_large1.txt 39KB
random_short3.txt 191B
random_trun_short2.txt 80B
random_short1.txt 172B
random_short2.txt 175B
random_large0.txt 39KB
dtw_l2_norm_query.txt 40B
good.txt 2KB
random_distances_non_colinear.txt 8KB
read_9236c56d-7768-42ad-9db1-cc2d5b24de2a_query_good.txt 311KB
dtw_l2_norm_subject.txt 40B
test1
simple3_test.txt 1KB
simple4_test.txt 1KB
random_test1.txt 4KB
seq2_test.txt 4KB
seq1_test.txt 4KB
output_results_znorm.txt 4KB
seq2_test_znorm.txt 4KB
simple2_test.txt 1KB
output_results.txt 4KB
seq1_test_znorm.txt 4KB
output_results_simple.txt 1KB
random_test2.txt 4KB
random_output.txt 4KB
simple1_test.txt 1KB
fast5
MSI_20180314_FAH40082_MN24809_sequencing_run_mt237_3_brdu_mcginty_54076_read_229_ch_222_strand.fast5 45KB
MSI_20180314_FAH40082_MN24809_sequencing_run_mt237_3_brdu_mcginty_54076_read_664_ch_195_strand.fast5 215KB
MSI_20180314_FAH40082_MN24809_sequencing_run_mt237_3_brdu_mcginty_54076_read_352_ch_156_strand.fast5 148KB
MSI_20180314_FAH40082_MN24809_sequencing_run_mt237_3_brdu_mcginty_54076_read_519_ch_85_strand.fast5 136KB
MSI_20180314_FAH40082_MN24809_sequencing_run_mt237_3_brdu_mcginty_54076_read_493_ch_223_strand.fast5 232KB
good.bed 79B
fasta
fasta_test.hsh 17.89MB
fasta_test.idx 40B
fna
output1.fna 351B
prefix_test_unique.fna 96B
good_output.fna 331B
good_file.fna 135B
prefix_test.fna 146B
output.fna 351B
fasta_test.hst 0B
fasta_test.hpr 17.89MB
fasta_test.hsi 154KB
fasta_test.hpf 17.89MB
binary
coxsackie_a16_3prime.fna.bin0 2KB
test_utils.cuh 525B
empty_files
empty.bed 0B
empty_test.fna.idx 0B
empty.txt 0B
empty_ish_test.fna 12B
empty_test.fast5 0B
binary.bin 0B
empty_test.fna 0B
openDBA_test.cu 12KB
Makefile 2KB
catch.hpp 508KB
multithreading.h 2KB
LICENSE 35KB
segmentation.hpp 35KB
cpu_utils.hpp 19KB
openDBA.cuh 5KB
fast5_segmenter.jl 18KB
gpu_utils.hpp 9KB
.gitignore 204B
dtw.hpp 13KB
io_utils.hpp 6KB
Makefile 2KB
limits.hpp 2KB
README.md 13KB
cuda_utils.hpp 1KB
exit_codes.hpp 670B
fastcluster.cpp 50KB
openDBA.cu 4KB
dba.hpp 50KB
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米丝梨
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