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schist:嵌套随机块模型的接口,用于单细胞分析
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2021-04-19
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SCHIST 嵌套随机块模型的接口,用于单细胞分析。 地位 0.7.6版修复了一些错误,并引入了更多错误。 另外,更好地处理亲和力和边缘性 版本0.7.4现在,所有函数都已多次初始化,并且从中计算出边际。 版本0.7.2现在可以运行leiden聚类了,但是它执行了很多次(默认为100),计算出一个共识以及聚类分配的边际。 0.7.0版嵌套模型的计算方式发生了一些变化。 此外,高级功能已被删除, graph_tool应使用graph_tool 完全支持0.6.0版PlantedModel。 此外,数据结构也发生了一些变化(obsm中的关联性) 版本0.5.2用于NSBM(和PP)的快速模型。 版本0.5.0引入了Planted Partition模型 版本0.4.2引入了用于计算群集一致性的函数。 版本0.4.0一些错误修正和名称更改为schist 版本0.3.1可以在先前建
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schist-master.zip (56个子文件)
schist-master
MANIFEST.in 49B
.travis.yml 939B
docs
figures
alluvial_01.png 81KB
sfdp_01.png 114KB
fr_02.png 78KB
alluvial_03.png 44KB
fr_01.png 62KB
sfdp_02.png 153KB
alluvial_02.png 94KB
gm.png 12KB
schist.inference.rst 727B
conf.py 2KB
make.bat 795B
schist.tools.rst 824B
intro.rst 5KB
modules.rst 55B
schist.io.rst 313B
schist.rst 675B
schist.plotting.rst 686B
plotting.rst 3KB
Makefile 634B
index.rst 142B
quick.rst 3KB
conftest.py 931B
Advanced.md 7KB
patch.mcmc.txt 492B
garnet.png 54KB
LICENSE 1KB
setup.cfg 226B
requirements.txt 44B
setup.py 2KB
.gitignore 247B
README.md 4KB
versioneer.py 69KB
conftest.sh 257B
.gitattributes 32B
schist
tools
_draw_graph.py 5KB
_select.py 2KB
__init__.py 104B
_utils.py 2KB
_affinity_tools.py 10KB
plotting
_alluvial.py 7KB
__init__.py 66B
_draw_tree.py 7KB
_utils.py 494B
_helpers.py 507B
__init__.py 352B
io
__init__.py 32B
_utils.py 3KB
inference
_planted_model.py 8KB
_nested_model.py 10KB
_pmleiden.py 8KB
__init__.py 148B
_flat_model.py 8KB
_version.py 18KB
_utils.py 7KB
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