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RIDDLE:通过深度学习从疾病史中得出种族和种族归因
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2021-04-30
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RIDDLE(从d [R王牌和种族我mputation isease历史与d EEP LE arning)是一个开源Python2库使用深度学习归咎于种族和匿名电子病历(EMR的)种族的信息。 RIDDLE提供以下功能:(1)建立用于根据临床特征估算种族和种族的模型,以及(2)解释经过训练的模型,以描述特定特征如何有助于预测。 RIDDLE库实现了 (PLOS计算生物学,2018年)中引入的方法。 与其他方法(例如scikit-learn / Python,glm / R)相比,RIDDLE旨在以高性能的方式处理大型和高维数据集。 RIDDLE通过在并行的TensorFlow / Theano后端上运行来有效地训练模型,并通过与批处理训练相结合的预处理数据来避免内存溢出。 RIDDLE使用指定和培养潜在的深层神经网络, 来计算功能与班级贡献分数。 当前的RIDDLE Python模块可
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RIDDLE-master.zip (37个子文件)
RIDDLE-master
setup.py 2KB
.gitignore 2KB
requirements.txt 78B
_data
phewas_codes.txt 2.25MB
README.md 928B
dummy.txt 2.27MB
.travis.yml 803B
LICENSE 11KB
setup.cfg 39B
interpret_riddle.py 10KB
.gitmodules 86B
other_clf.py 10KB
utils.py 13KB
README.md 4KB
tests
riddle
test_frequency.py 559B
data
ut_model.h5 13.14MB
ut_x_test.pkl 3KB
models
test_mlp.py 1KB
test_model.py 893B
test_ordering.py 7KB
test_emr.py 4KB
test_feature_importance.py 10KB
deeplift
pytest.ini 54B
NOTICE 954B
parameter_search.py 12KB
riddle
tuning.py 9KB
feature_importance.py 18KB
__init__.py 431B
summary.py 964B
models
mlp.py 3KB
__init__.py 107B
model.py 8KB
ordering.py 12KB
frequency.py 2KB
emr.py 11KB
roc.py 5KB
riddle.py 10KB
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佳同学
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