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edge:有效地跟踪基因组的变化
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2021-03-21
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边缘 Edge使基因组与衍生自其的子基因组之间保持结构变化。用户通过将基于序列的操作(例如同源重组)应用于亲本基因组来创建修饰的基因组。用户可以注释或校正基因组上的序列; Edge会自动将更改应用于派生的基因组上的适当区域。 Edge有效地做到了这一点:在亲本基因组上进行更改需要O(1),并自动传播到修饰的基因组。 Edge为每个修饰的基因组使用O(D)的存储量,其中D是修饰的基因组与其亲本之间的差异数。当前的实现另外还保留了一个对基对编号的注释的高速缓存,但是该高速缓存是软数据,并且被无效并根据需要重新构建。 可以通过将操作重新应用于新基因组来重新创建修饰的基因组(请考虑git rebase)。但是,目前,注释基因组不是一项操作。同样,对基因组进行两次相同的操作会导致单个子基因组,而不是两个。 Edge提供了用于查看操作和更改的UI以及用于进行更改的API。 Edge可以将基因组序
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edge:有效地跟踪基因组的变化 (146个子文件)
_python 79B
.bowerrc 46B
setup.cfg 446B
app.css 2KB
Dockerfile 1KB
.dockerignore 5B
flake8 63B
Y30178.fsa 11.85MB
Y24097.fsa 11.85MB
Y15747.fsa 11.84MB
sc_s288c.gff 17MB
Y30178.gff 11.85MB
Y24097.gff 11.85MB
Y15747.gff 11.84MB
ecoli-mg1655.gff 8.22MB
dh10b.gff 6.48MB
ecoli-mg1655-simple.gff 513KB
.gitignore 591B
.gitignore 63B
.gitignore 0B
genome-recombination.html 5KB
genome-detail.html 3KB
fragment-left.html 2KB
fragment-annotation-list.html 2KB
edge.html 2KB
genome-pcr.html 2KB
fragment-list.html 2KB
import.html 1KB
genome-blast.html 1KB
genome-fragment.html 1KB
fragment-detail.html 1018B
genome-list.html 1006B
blast-results.html 843B
fragment-layout.html 570B
primer.html 522B
header.html 288B
genome-fragment-layout.html 268B
edge.html 57B
MANIFEST.in 157B
controllers.js 19KB
recombination.js 2KB
app.js 2KB
features.js 1KB
blast.js 830B
pcr.js 684B
bower.json 471B
Makefile 4KB
README.md 756B
README.md 54B
test_recombine.py 45KB
test_recombine_annotations.py 28KB
recombine.py 28KB
test_fragment.py 27KB
views.py 24KB
test_views.py 23KB
test_annotations.py 19KB
test_importer.py 14KB
test_crispr.py 14KB
test_genome.py 14KB
test_pcr.py 13KB
fragment.py 11KB
0001_initial.py 10KB
0003_auto__chg_field_fragment_chunk_location_fragment__chg_field_fragment_c.py 9KB
test_blast.py 9KB
0001_initial.py 8KB
0009_auto__add_operation.py 8KB
fragment_updater.py 8KB
0011_auto__del_field_operation_fragment__add_field_feature_operation.py 8KB
0012_auto__add_field_operation_genome.py 8KB
importer.py 7KB
0013_auto__del_field_operation_notes__add_field_genome_blastdb.py 7KB
0010_auto__add_field_operation_params__chg_field_operation_type.py 7KB
fragment_writer.py 7KB
0014_auto__chg_field_genome_name.py 7KB
test_io.py 7KB
chunk.py 7KB
0008_auto__add_field_fragment_active__add_field_genome_active.py 7KB
0006_auto__add_fragment_index.py 6KB
0002_auto__add_index_fragment_chunk_location_fragment_base_first__add_index.py 6KB
0007_auto__add_field_feature__qualifiers.py 6KB
pcr.py 6KB
0005_auto__add_field_fragment_est_length.py 6KB
0004_auto__chg_field_genome_parent.py 6KB
genome.py 6KB
settings.py 5KB
blast.py 5KB
setup.py 4KB
primer.py 4KB
crispr.py 4KB
tests.py 3KB
blastdb.py 3KB
test_primer.py 3KB
genome_updater.py 3KB
io.py 3KB
orfs.py 2KB
urls.py 2KB
fragment_annotator.py 2KB
split_gff.py 2KB
tasks.py 1KB
parse_joined_gff_inline_dna.py 1KB
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