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metaopt:用于分析代谢网络的优化工具箱-开源
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2021-04-29
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共87个文件
h:37个
cpp:34个
makefile:4个
Metaopt包含基于通量优化的代谢分析方法的直接C ++实现。 它主要用于有效解决热力学上受约束的FBA和FVA(tFVA)。
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fast-tfva_13_01_14.tgz (87个子文件)
dist
COPYING 34KB
thermo
src
metaopt
scip
ScipError.h 2KB
heur
CycleDeletionHeur.cpp 9KB
CycleDeletionHeur.h 3KB
constraints
ThermoConstraintHandler.cpp 48KB
SteadyStateConstraint.cpp 3KB
RelaxedNaiveThermoConstraint.cpp 1KB
ThermoInfeasibleSetPool.h 2KB
RelaxedNaiveThermoConstraint.h 2KB
ThermoConstraintHandler.h 13KB
SteadyStateConstraint.h 1KB
PotBoundPropagation2.h 6KB
ThermoInfeasibleSetPool.cpp 2KB
PotBoundPropagation2.cpp 25KB
algorithms
FVA.cpp 15KB
ModelFactory.h 1KB
FluxForcing.cpp 7KB
FCA.h 1KB
FluxForcing.h 3KB
BlockingSet.h 1KB
FVA.h 3KB
FCA.cpp 5KB
BlockingSet.cpp 12KB
ModelFactory.cpp 1KB
Uncopyable.cpp 1KB
model
DirectedReaction.h 2KB
Reaction.h 12KB
Model.h 8KB
scip
LPFlux.cpp 23KB
LPPotentials.h 6KB
LPPotentials.cpp 11KB
PotSpaceConstraint.h 2KB
ModelAddOn.h 4KB
DualPotentials.h 5KB
ReducedScipFluxModel.h 4KB
DualPotentials.cpp 13KB
AbstractScipFluxModel.h 4KB
ReducedScipFluxModel.cpp 3KB
ScipModel.cpp 13KB
Solution.h 2KB
Solution.cpp 1KB
addon
PotentialDifferences.h 4KB
ReactionDirections.cpp 10KB
PotentialDifferences.cpp 5KB
ReactionDirections.h 4KB
PotSpaceConstraint.cpp 1KB
AbstractScipFluxModel.cpp 1KB
LPFlux.h 12KB
ISSupply.h 2KB
ISSupply.cpp 1KB
ModelAddOn.cpp 2KB
ScipModel.h 12KB
Model.cpp 5KB
Reaction.cpp 5KB
sbml
SBMLLoader.cpp 3KB
SBMLLoader.h 2KB
Metabolite.cpp 4KB
Metabolite.cpp~ 4KB
Reaction.cpp~ 5KB
matlab
MatlabLoader.cpp 15KB
MatlabLoader.h 4KB
Metabolite.h 7KB
impl
FullModel.cpp 3KB
FullModel.h 3KB
Precision.h 1KB
Metabolite.h~ 7KB
Coupling.cpp 10KB
Precision.cpp 1KB
Coupling.h 5KB
Properties.h 3KB
Uncopyable.h 1KB
Makefile 5KB
examples
ecoli.mat 189KB
E_coli_iAF1260.xml 3.05MB
matlab
matlab
metaopt.m 2KB
metaopt_time.m 3KB
src
ExitEventHandler.cpp 2KB
metaopt_mex.cpp 23KB
metaopt_mex.h 1KB
ExitEventHandler.h 2KB
README 541B
Makefile 2KB
third_party
README 3KB
res
libsbml-5.6.0-src.zip 14.01MB
Makefile 408B
README 3KB
Makefile 688B
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