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Deep-learning-for-contact_map_v2:蛋白质接触图的预测
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2021-05-24
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深度学习contact_map_v2 这是进行的非官方实现,这是一种用于的深度学习方法,具有通过其他软件(例如CCMpred,PSICOV等)预测的接触图on)作为输入。 要求 介绍 网络结构:实施了2个网络(剩余网络和高速公路网络); 批量归一化和L2调节已实现优化。 需要做 获取蛋白质结构的1D特征(例如序列,sse,ACA等)和2D特征(例如预测的CCMpred,PSICOV和其他成对特征) 修改./read_into_tfrecord.py ,并使用它将您的数据传输到tfrecord 在./libs/config/config.py设置自己的配置 运行python train.py
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Deep-learning-for-contact_map_v2-master.zip (19个子文件)
Deep-learning-for-contact_map_v2-master
.gitignore 13B
models
model.ckpt-20000.data-00000-of-00001 15.63MB
model.ckpt-20000.index 8KB
libs
nets
__init__.py 0B
network.py 7KB
highway_network.py 7KB
datasets
__init__.py 0B
data_preprocessing.py 4KB
data_factory.py 2KB
__init__.py 0B
utils
__init__.py 0B
acc_cal_v2.py 3KB
acc_cal_v1.py 3KB
config
__init__.py 0B
config.py 1KB
README.md 1KB
test.py 2KB
read_data_into_tfrecord.py 386B
train.py 4KB
共 19 条
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好摩
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