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DENR:使用PRO-seq选择最活跃的转录成绩单模型
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2021-03-19
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标题 作者 丹尼尔 诺亚·杜克勒(Noah Dukler) 借助转录本水平分辨率对新生RNA测序数据进行定量 安装 DENR包 可以使用以下代码行安装软件包: devtools::install_github("CshlSiepelLab/DENR") Tensorflow和Keras 该TSS的识别方法使用深层学习框架Keras和Tensorflow 。仅支持tensorflow 2.0或更高版本。请注意,R tensorflow软件包的版本tensorflow在tensorflow使用的python版本不同。要检查它是否运行。 tensorflow::tf_config() 从R安装tensorflow和keras的说明可以在找到。 概述 DENR对新生的RNA测序数据进行基于注释的转录水平定量。尽管它是基于PRO-seq数据开发的,但通常应适用于任何经过处理的新生测序数据集,
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DENR:使用PRO-seq选择最活跃的转录成绩单模型 (128个子文件)
test_single_strand.bw 85KB
test_double_strands_plus.bw 69KB
test_double_strand_plus.bw 69KB
test_double_strands_minus.bw 61KB
test_double_strand_minus.bw 61KB
test_multichrom.bw 31KB
test_transcript_filter_301_500.bw 31KB
test_transcript_filter_1_1000.bw 31KB
test_upr_minus.bw 18KB
test_upr_plus.bw 18KB
DESCRIPTION 2KB
.gitignore 689B
.gitignore 11B
conv_onelayer_61aa9200.hdf5 123KB
hsapiens_gene_ensembl_96_txdb_test 64KB
README.md 6KB
NAMESPACE 1KB
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optimization.png 30KB
upstream_polymerase_ratio.png 16KB
transcript_shape_profile-class.R 31KB
tq_visualization.R 19KB
tss_predictor.R 18KB
transcript_models_build_helpers.R 15KB
test-transcript_model.R 15KB
txdb_handling.R 13KB
data_handling.R 12KB
transcript_quantifier-class.R 12KB
model_fitting.R 10KB
model_fit_statistics.R 6KB
test-shape_profile.R 6KB
test-process_data.R 6KB
test-tss_prediction.R 6KB
test-plotting.R 5KB
make_test_files_two_strands.R 5KB
abundance_tables.R 5KB
test-reduce_transcript_model.R 4KB
make_test_files_single_strand.R 4KB
upstream_density_ratio.R 4KB
test_transcript_filter.R 3KB
test-model_fitting.R 3KB
setup-model_fitting.R 2KB
type_checkers.R 2KB
make_density_ratio_bw.R 2KB
test-caching.R 1KB
test-linting.R 1KB
test-type_checkers.R 1019B
make_multichrom_bw.R 843B
setup-linting.R 477B
teardown-caching.R 200B
zzz.R 163B
testthat.R 66B
.Rbuildignore 97B
show-transcript_quantifier-method.Rd 3KB
transcript_shape_profile.Rd 2KB
transcript_quantifier-class.Rd 2KB
transcript_quantifier.Rd 2KB
transcript_shape_profile-class.Rd 2KB
fit.Rd 2KB
rescale_fixed_width_position.Rd 2KB
summarize_bigwig.Rd 1KB
collect_tss_features.Rd 1KB
plot_model.Rd 1KB
transcript_abundance.Rd 1KB
upstream_polymerase_ratio.Rd 1KB
model_agreement.Rd 1KB
labeled_feature_set.Rd 1KB
create_model_masks.Rd 1KB
label_transcripts.Rd 1KB
window_regions.Rd 1KB
locus_variance_explained.Rd 1KB
tx_variance_explained.Rd 1KB
seqv.Rd 1KB
get_data.Rd 1023B
get_transcripts.Rd 947B
reduce_transcript_models.Rd 928B
create_transcript_models.Rd 890B
apply_shape_profile.Rd 868B
cache_create_dir.Rd 864B
cache_set_dir.Rd 863B
download_txdb.Rd 858B
predict_inactive_transcripts.Rd 858B
save_txdb.Rd 854B
group_transcripts.Rd 845B
tss_predictor.Rd 813B
apply_bigwig_seqinfo.Rd 806B
locus_statistics.Rd 781B
create_bins.Rd 735B
view.Rd 726B
add_data.Rd 718B
view_available_txdb.Rd 717B
gene_abundance.Rd 710B
get_abundance.Rd 649B
get_transcribed_regions.Rd 632B
sum_squares_grad.Rd 596B
sum_squares_lasso.Rd 583B
strip_loess.Rd 578B
predict_transcripts.Rd 523B
mask_transcripts.Rd 510B
group_trancript_models.Rd 503B
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好摩
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