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cortex:无参考变体组件
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2021-05-22
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皮层 无参考的变体组件 安装 git clone --recursive https://github.com/iqbal-lab/cortex.git cd cortex bash install.sh make cortex_var 默认情况下, cortex将编译一个名为cortex_var_31_c1的二进制cortex_var_31_c1 。 这支持最大31个k-mer大小,并在图形中最多提供1种颜色。 为了增加这些,您需要重新编译cortex ,如下所示: make cortex_var MAXK=127 NUM_COLS=8 MAXK只能采用32 x N - 1形式的值,范围在31到255之间NUM_COLS参数必须为正整数。 依存关系 htslib (捆绑) seq_file (捆绑) string_buffer (捆绑) zlib 用法 构建单色二进制文件:
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cortex:无参考变体组件 (1055个子文件)
Statistics::Descriptive.3pm 20KB
cortex_user_manual.aux 6KB
document.aux 2KB
Cortex_cheat_sheet_bacteria.aux 618B
readlen_distrib.pair1.bam 606B
readlen_distrib.bam 605B
readlen_distrib.pair2.bam 549B
mapped_fastq.bam 414B
mapped_fasta.bam 413B
readlen_distrib.pair1.bamlist 26B
readlen_distrib.pair2.bamlist 26B
readlen_distrib.bamlist 20B
document.bib 48KB
natbib.bst 26KB
PLAIN.BST 21KB
btest 8KB
dB_graph_population.c 381KB
test_file_reader.c 255KB
test_dB_graph_population.c 208KB
cmd_line.c 125KB
file_reader.c 112KB
db_complex_genotyping.c 90KB
cortex_var.c 55KB
test_error_correction.c 49KB
vcf.c 46KB
strbuf_test.c 41KB
db_variants.c 38KB
vcfmerge.c 36KB
test_binary_kmer.c 36KB
sam.c 35KB
element.c 35KB
test_pop_supernode_consensus.c 30KB
vcfcheck.c 29KB
hts.c 27KB
hash_value.c 27KB
error_correction.c 26KB
string_buffer.c 25KB
genotyping_element.c 25KB
string_buffer.c 24KB
genome_complexity.c 24KB
run_sv_trio_tests.c 24KB
synced_bcf_reader.c 24KB
seq_file.c 23KB
model_selection.c 22KB
bgzf.c 21KB
test_cmd_line.c 20KB
test_seq.c 18KB
alignment_cmdline.c 18KB
dna_cat.c 18KB
knetfile.c 18KB
graph_info.c 16KB
alignment_scoring.c 16KB
binary_kmer.c 16KB
test_pop_load_and_print.c 16KB
alignment.c 14KB
test_model_selection.c 13KB
db_differentiation.c 13KB
vcfisec.c 13KB
hash_table.c 13KB
little_hash_for_genotyping.c 13KB
seq.c 10KB
seq_error_rate_estimation.c 10KB
sw_cmdline.c 9KB
dB_graph_supernode.c 8KB
tests.c 8KB
alignment_scoring_load.c 7KB
smith_waterman.c 7KB
test_hash.c 7KB
count_kmers.c 7KB
vcfutils.c 7KB
test_db_variants.c 7KB
seq_fastq.c 7KB
test_pop_element.c 7KB
tbx.c 6KB
abreak.c 6KB
internal_oxford.c 6KB
test_seq_error_estimation.c 6KB
run_basic_tests.c 5KB
test_genome_complexity.c 5KB
global.c 5KB
seq_convert.c 5KB
priority_queue.c 5KB
nw_cmdline.c 4KB
seq_sam.c 4KB
main.c 4KB
strbuf_test.c 4KB
dna_demux.c 4KB
needleman_wunsch.c 4KB
hash_value.c 4KB
seq_cat.c 4KB
bamshuf.c 4KB
seq_fasta.c 3KB
vcfview.c 3KB
run_cmd_line_tests.c 3KB
dB_graph.c 3KB
hash_table.c 3KB
tabix.c 3KB
bam2fq.c 3KB
example.c 3KB
maths.c 3KB
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越昆
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