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eva-submission:连接和自动化EVA工作流程中主要任务的组件
共86个文件
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2021-03-09
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提交自动化 这些脚本旨在供EVA服务台人员用来管理向EVA的提交。 他们以半自动方式处理提交,并将每个步骤的结果记录在给定提交目录中的yaml文件中 剧本 有关提交的信息 以下脚本仅检查FTP框的内容,并返回一个简短的文本,该文本应提供足够的信息来创建提交票证。 python detect_submission.py --ftp_box 3 --submitter john 将相关文件复制到提交文件夹 当您提供--ftp_box和--submitter参数时,可以使用此脚本从ftp_box抓取相关文件并将其复制到提交文件夹中。 它还将准备提交文件夹,并创建其余执行所需的目录结构和配置文件。 如果没有上述参数,则仅准备提交文件夹。 python prepare_submission.py --ftp_box 3 --submitter john --eload 677 或者 pytho
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eva-submission-master.zip (86个子文件)
eva-submission-master
.github
workflows
python-package.yml 1KB
eva_submission
eload_utils.py 1KB
ENA_submission
upload_to_ENA.py 3KB
__init__.py 0B
xlsx_to_ENA_xml.py 14KB
eload_submission.py 9KB
samples_checker.py 6KB
assembly_taxonomy_insertion.py 9KB
ingestion_templates.py 3KB
__init__.py 194B
eload_ingestion.py 18KB
biosamples_submission.py 21KB
submission_in_ftp.py 5KB
eload_brokering.py 9KB
xlsx
xlsx_parser_eva.py 4KB
xlsx_parser.py 9KB
__init__.py 0B
xlsx_validation.py 6KB
submission_config.py 2KB
eload_validation.py 16KB
requirements.txt 123B
etc
eva_project_validation.yaml 7KB
eva_project_conf.yaml 2KB
example_submission_config.yaml 1KB
LICENSE 11KB
setup.py 914B
README.md 3KB
tests
test_eload_validation.py 4KB
test_submit_to_bsd.py 14KB
test_submission_in_ftp.py 2KB
nextflow-tests
test_ingestion_nextflow.sh 946B
test_ingestion_config.yaml 582B
build_tests.sh 438B
nextflow.config 30B
bin
fake_tabix.sh 64B
fake_bgzip.sh 29B
fake_copy.sh 38B
fake_bcftools.sh 67B
java
FakeVariantLoadPipeline.java 239B
FakeAccessionPipeline.java 740B
test_XLSReader.py 2KB
test_eload_config.py 434B
test_samples_checker.py 1KB
test_upload_to_ENA.py 2KB
test_eload_brokering.py 6KB
test_eload_ingestion.py 12KB
test_xlsx_to_xml.py 4KB
test_eload_submission.py 2KB
test_XLSWriter.py 2KB
resources
test_bsd_submission.yaml 143B
test.vcf 104B
validations
failed_file.vcf.errors.txt 935B
failed_assembly_check.log 522B
mismatch_text_assembly_report.txt 2KB
bsd_submission.yaml 181B
ftpboxes
eva-box-01
upload
john
vcf_file
data.vcf.gz 0B
data.vcf.gz.tbi 0B
metadata.xlsx 47KB
submission_config.yml 696B
brokering
metadata_sheet.xlsx 46KB
metadata_sheet_fail.xlsx 47KB
metadata_sheet2.xlsx 47KB
metadata.xlsx 47KB
ELOAD_609biosamples.txt 4KB
eloads
ELOAD_2
.ELOAD_2_config.yml 727B
ELOAD_4
.ELOAD_4_config.yml 1KB
ELOAD_33
.ELOAD_33_config.yml 493B
18_brokering
ena
test1.vcf.gz 0B
test2.vcf.gz 0B
test2.vcf.gz.tbi 0B
test1.vcf.gz.tbi 0B
projects
.gitkeep 0B
test_metadata_fields.yaml 1KB
test_xlsx_validation.py 2KB
.gitignore 92B
nextflow
validation.nf 3KB
variant_load.nf 1KB
prepare_brokering.nf 3KB
accession.nf 4KB
bin
prepare_submission.py 2KB
detect_submission.py 2KB
genome_downloader.py 3KB
broker_submission.py 3KB
ingest_submission.py 3KB
check_samples_eva.py 1KB
validate_submission.py 3KB
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越昆
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