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sortmerna:SortMeRNA:下一代序列过滤和比对工具
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2021-02-05
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Sortmerna SortMeRNA是用于过滤,定位和聚类的本地序列比对工具。 核心算法基于近似种子,可以对NGS读数进行敏感分析。 SortMeRNA的主要应用是从转录组数据中过滤rRNA。 SortMeRNA将读取(fasta,fastq,fasta.gz,fastq.gz)和一个或多个rRNA数据库文件作为输入文件,并将对齐和拒绝的读取分为两个文件。 其他应用程序包括可通过获得的聚类和分类分配。 SortMeRNA可处理Illumina,Ion Torrent和PacBio数据,并可产生SAM和BLAST样的比对。 目录 入门 SortMeRNA 4可以在Linux和Windows
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sortmerna:SortMeRNA:下一代序列过滤和比对工具 (236个子文件)
AUTHORS 294B
t0_expected_alignment.blast 6KB
ssw.c 35KB
brz.c 30KB
chd_ph.c 27KB
cmph.c 22KB
bdz_ph.c 22KB
bdz.c 21KB
bmz8.c 20KB
bmz.c 20KB
fch.c 16KB
chm.c 12KB
compressed_seq.c 10KB
select.c 10KB
jenkins_hash.c 9KB
graph.c 8KB
chd.c 8KB
compressed_rank.c 8KB
hash.c 6KB
fch_buckets.c 5KB
ssw_example.c 5KB
buffer_entry.c 3KB
buffer_manager.c 2KB
cmph_structs.c 2KB
vstack.c 1KB
miller_rabin.c 1KB
vqueue.c 1KB
ChangeLog 5KB
smr_utils.cmake 7KB
FindRapidJson.cmake 2KB
common 5.68MB
COPYING 34KB
sls_alp_sim.cpp 103KB
sls_alp.cpp 65KB
indexdb.cpp 64KB
options.cpp 47KB
output.cpp 35KB
sls_alp_data.cpp 34KB
sls_alignment_evaluer.cpp 34KB
sls_pvalues.cpp 26KB
alignment.cpp 24KB
njn_localmaxstatutil.cpp 18KB
paralleltraversal.cpp 17KB
read.cpp 16KB
minoccur.cpp 16KB
readstats.cpp 13KB
sls_alp_regression.cpp 13KB
traverse_bursttrie.cpp 12KB
index.cpp 11KB
njn_dynprogprob.cpp 9KB
processor.cpp 9KB
cmd.cpp 9KB
reader.cpp 8KB
refstats.cpp 8KB
njn_localmaxstat.cpp 7KB
njn_dynprogproblim.cpp 6KB
njn_localmaxstatmatrix.cpp 5KB
bitvector.cpp 5KB
gzip.cpp 5KB
util.cpp 5KB
references.cpp 4KB
callbacks.cpp 4KB
kseq_load.cpp 4KB
njn_ioutil.cpp 4KB
njn_random.cpp 4KB
sls_basic.cpp 4KB
read_control.cpp 3KB
main.cpp 3KB
main.cpp 2KB
njn_dynprogprobproto.cpp 2KB
writer.cpp 1KB
wintime.cpp 1KB
kvdb.cpp 1024B
unistd.cpp 506B
kvdb.cpp 310B
.dirstamp 0B
.dirstamp 0B
Dockerfile 280B
silva-bac-16s-id90.fasta 18.54MB
set2_environmental_study_550_amplicon.fasta 17.79MB
silva-euk-28s-id98.fasta 14.25MB
silva-euk-18s-id95.fasta 12.65MB
silva-bac-23s-id98.fasta 12.31MB
silva-bac-16s-database-id85.fasta 12.14MB
rfam-5s-database-id98.fasta 8.13MB
set5_simulated_amplicon_silva_bac_16s.fasta 4.97MB
silva-arc-16s-database-id95.fasta 4.66MB
silva-arc-16s-id95.fasta 3.71MB
rfam-5.8s-database-id98.fasta 2.17MB
silva-arc-23s-id98.fasta 734KB
gg_13_8_ref_set.fasta 27KB
test_ref.fasta 2KB
test_read.fasta 1KB
set7_arc_bac_16S_database_match.fasta 1KB
ref_GQ099317_forward_and_rc.fasta 244B
illumina_GQ099317.fasta 144B
ref_short_seqs.fasta 98B
empty_file.fasta 0B
set4_mate_pairs_metatranscriptomics.fastq 5.42MB
set4_mate_pairs_metatranscriptomics_1.fastq 2.71MB
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