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dockingbox:基于 Biojava 的实用程序，用于根据氨基酸和原子位置选择对接框。用于 iDock、Autodock...

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需积分: 9 0 下载量 143 浏览量 2021-06-17 15:41:17 上传评论收藏 725KB ZIP 举报

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对接箱基于 Biojava 的实用程序，用于根据氨基酸和原子位置选择对接框。用于 iDock、Autodock Vina 等工具。要使用该工具，只需实例化阅读器并输入要放置边界框的 PDBID、链和残基（位置） PDBReader reader = new PDBReader(); double[] box = PDBStructureUtils.getBoundingBox(reader.readPDB("2GF0"), "A", new int[]{4, 5, 6, 7, 8}); or double[] box = PDBStructureUtils.getBoundingBoxWithPadding(reader.readPDB("2GF0"), "A", new int[]{4, 5, 6, 7, 8},10.0); which adds 10A of padding

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