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subsystems:使生物信息学与SEED子系统数据库一起工作的代码更加容易
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2021-05-17
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子系统代码 使生物信息学与SEED子系统数据库一起工作的代码要容易一些。 获取原始文件的位置-FTP Seed网站的Subsystems文件夹:ftp://ftp.theseed.org/subsystems/ 有关此代码背后的最初原因的完整说明,请在此处查看博客文章: : 内容 Subsystems_simplifier.py-将“ subsystems.complex”大文件放入一个生物信息友好的布局中(FASTA,适合诸如BLAST和DIAMOND等注释算法用作数据库) FIG_extractor.py-提取“ subsystems.complex”大文件,并提取图ID及其相关功能(Subsystems层次结构中的第4级,最低级别) fig_swapper.py-包含四个文件-FIG_extractor的输出,具有无花果ID的结果文件,“ subsystems2role”
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subsystems-master.zip (6个子文件)
subsystems-master
Subsystems_simplifier.py 1KB
subsys_db_rebuilder.py 4KB
duplicate_counter.py 1KB
FIG_extractor.py 560B
README.md 4KB
fig_swapper.py 3KB
共 6 条
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