EDCC-CNG:CRE和CRM的探索和分类-开源

顺式调控元件 (CRE) 和顺式调控模块 (CRM) 在基因表达的时空调控中发挥重要作用，这是真核生物中的常见过程。 我们开发了两个程序，用作分析 CRM 介导的基因表达控制的探索性工具：“独特 CRE 和 CRM 的探索”（EDCC）和“CRM 网络生成器”（CNG）。 EDCC 将 CREs/CRMs 的存在和位置与基因表达数据相关联，并确定候选调控元件以进行进一步的功能分析。 CNG 提供了一种无偏神经网络方法来评估由 EDCC 确定的位置特征的重要性。 为了即使对于大型数据集也能保持高计算性能，大多数使用 Python 3 编写的程序使用基于 k-mer 的索引、并行化和神经网络方法进行分类。 如需更多信息，请参阅出版物：doi.org/10.1371/journal.pone.0190421