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RNAcentralTools:一组用于在 smallRNAseq 分析中使用 RNAcentral 的工具
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2021-07-08
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RNAcentralTools 这个存储库包含许多我发现在使用分析小 RNA 和 piRNA 时特别有用的工具。 这些脚本的主要目标如下: 过滤在给定物种中表达的 RNA。 去除低质量的 RNA 将几乎相同的物种分组为簇。 用可能的物种类型注释集群。 提供 SAM/BAM 形式的流式对齐机制,并且: 给定读取长度,将对齐组分配给最可能的目标 计算对齐到单个给定集群的次数
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RNAcentralTools-master.zip (13个子文件)
RNAcentralTools-master
CreateFiles.c 9KB
filter.sh 190B
clustered2mapping.py 550B
extract_piRNAs.py 569B
filter_ambiguous.py 507B
shortReads2BAMandCounts.c 15KB
mergeAndAnnotateClusters.py 7KB
README.md 662B
extract_piRNA.py 297B
cd-hist-est_annotate.py 1KB
shortReads2BAM.c 9KB
filter_real_mouse.py 460B
run_cd-hit-est.sh 132B
共 13 条
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易洪艳
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