当前状态
Nextflu的所有开发都已纳入Nextstrain项目。 Python构建pipine提供的(其将取代在构建管道blab/nextflu/augur )和JavaScript的可视化可在(其将取代可视化blab/nextflu/auspice )。
可在实时显示季节性流感的演变。
介绍
nextflu旨在对流感病毒的进化进行近乎实时的跟踪。 当前版本的nextflu着眼于血凝素(HA)基因的序列,着眼于追踪人类季节性流感的演变。 它分为两个部分:
推运器,这需要一个.fasta流感序列的文件并建立一个带注释的系统发育
auspice ,它在基于Web的交互式可视化中显示此带注释的系统发育
Augur构建脚本位于而可视化工具位于。 此存储库中保留了augur和auspice旧版v1版本,以供后代使用。
引文
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