没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
dockop:更快的对接
共80个文件
py:16个
html:12个
svg:11个
需积分: 9 0 下载量 111 浏览量
2021-05-01
06:48:24
上传
评论
收藏 12.33MB ZIP 举报
温馨提示
码头 现在可以从诸如Enamine或WuXi之类的供应商处获得超大规模(100至10亿个配体)虚拟分子库。 增加的大小在对接活动中产生了高分分子更好的多样性,但需要更多的基础架构,如高性能计算集群。 该项目的目的是通过在配体的随机样本及其对接分数上训练替代模型,并使用替代模型来替代对等模型,从而证明无需对接整个库就可以识别出相同的匹配。 该方法仅使用sklearn的LogisticRegression和RDKit的Morgan指纹以及药效团原子不变量,并以最少的培训时间获得了一流的结果。 [1]吕建坤等。 “超大型图书馆对接系统,用于发现新的化学类型。” 自然566.7743(2019):224-229。 结果: 我将GAM拟合到Lyu等人的体外命中率数据中,很好地显示了命中率在非常高的级别上的下降(Shoichet / Iriwn称之为“浮渣(上升到顶部)”)。 这也有助于定义一个临
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
dockop-master.zip (80个子文件)
dockop-master
figures
trainingSetSize.svg 25KB
rawdat.png 26KB
single_it_enrichment.html 56KB
fpsize_figure.svg 688KB
fpsize_figure.html 310KB
active_learning_percentage.html 28KB
single_it_computationdays.svg 77KB
single_it_computationdays.html 55KB
fpsize_logreg.html 37KB
hit_rate_vs_rank.svg 44KB
time_comparison.html 28KB
trainingSetSize.html 5KB
knn.html 180KB
knn.svg 819KB
active_learning_percentage.svg 48KB
active_learning_computationdays.svg 49KB
ampc_ap.html 56KB
fpsize_logreg_d4.svg 109KB
ampc_ap.svg 61KB
single_it_enrichment.svg 75KB
hit_rate_vs_rank.html 9KB
fpsize_logreg.svg 106KB
active_learning_computationdays.html 28KB
dockop.yml 273B
.gitattributes 66B
code
plot_scripts
plot_wholedataset.py 6KB
plot_logreg.py 4KB
plot_fpcomparison_figure.py 4KB
plot_trainingSetSize.py 3KB
plot_ampc_ap.py 1KB
empirical_hit_rate_fit.ipynb 155KB
AmpC_all_single.ipynb 20KB
parse_data.py 1KB
main.py 1KB
unused
plot_knn.py 959B
write_estimators_json.py 4KB
knn_classifier.py 2KB
clusterer.py 6KB
utils.py 492B
plot_time_optimisation.py 6KB
run_knn.py 3KB
AmpC_all_figures.ipynb 64KB
run_morgan_feat_trainingSet.sh 458B
AmpC_all_iterative.ipynb 8KB
README.md 2KB
D4_all_single.ipynb 19KB
run_all.sh 332B
D4_all_iterative.ipynb 12KB
__pycache__
utils.cpython-37.pyc 718B
estimator.cpython-38.pyc 4KB
knn_classifier.cpython-38.pyc 2KB
utils.cpython-38.pyc 726B
estimator.cpython-37.pyc 4KB
evaluate.cpython-38.pyc 2KB
set_up.cpython-37.pyc 8KB
evaluator.cpython-38.pyc 2KB
set_up.cpython-38.pyc 8KB
evaluate.cpython-37.pyc 8KB
D4_all_generate_FPs.ipynb 11KB
estimator.py 5KB
set_up.py 10KB
AmpC_all_generate_FPs.ipynb 11KB
LICENSE 1KB
processed_data
ampc_reconstruction_0.3_1_.csv 2KB
logreg_only.json 217B
D4_single_0.3.csv 4KB
d4_smallModel.joblib 257KB
AmpC_short.npy 1.84MB
evaluation_estimators.json 1KB
evaluation_estimators_clf.json 2KB
compdays.html 69KB
AmpC_short.smi 39.8MB
ampc_cutoff.csv 24KB
ampc_ap.csv 1KB
AmpC_single_0.3.csv 4KB
D4_reconstruction_0.3_1_.csv 3KB
README.md 5KB
data
41586_2019_917_MOESM4_ESM.csv 78KB
README.md 377B
.gitignore 392B
共 80 条
- 1
资源评论
msjhfu
- 粉丝: 27
- 资源: 4607
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功