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概述 HTPmod是一个Shiny应用程序,用于对大型生物数据进行建模和可视化。 回购内容 HTPmod :应用程序的主页 growmod :用于增长建模的gowtMod模块 htpdvis :用于数据可视化的htpdVis模块 predmod :用于预测目的的predMod模块 系统要求 硬体需求 此应用可以在具有足够RAM的“普通”计算机上运行。 我们建议您使用具有以下规格的计算机:8+ GB RAM和4+ CPU内核,每核3.3+ GHz 软件需求 HTPmod是在R中开发的。运行此应用程序需要 。 它已经在Windows(带有RStudio),Mac OS(带有RStudio)和Linux(带有Shiny Server)系统上进行了测试。 在基于Linux的Web服务器上安装时,请参阅(需要1-2个小时)。 文献资料 我们在提供了有关如何使用HTPmod的大量文档。 在线示范 请检
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HTPmod-shinyApp-master.zip (78个子文件)
HTPmod-shinyApp-master
.gitignore 500B
growmod
data
stressed.growth.txt 477KB
Chen_2014_control.csv 466KB
Fahlgren_2015_genotype.csv 793KB
Fahlgren_2015_treatment.csv 595KB
Chen_2014_stressed.csv 484KB
normal.growth.txt 458KB
code
analysis.v2.R 40KB
growth.models.v2.R 21KB
server.R 37KB
ui.R 11KB
global.R 5KB
htpdvis
data
Zhan_2015_DS4.txt 557KB
iris.csv 4KB
Zhu_2018_metabolites.csv 3.8MB
Zhu_2018_mmc2.txt 117KB
Chen_2014_htpvis.csv 8.1MB
Jiao_2010_TRAPseq_DE.out 360KB
Wang_2015_chromatin_state.csv 2.33MB
Zhu_2018_mmc1.txt 55KB
Wang_2015_Supp_Table_S4.txt 16.73MB
Jiao_2010_TRAPseq_DE.csv 360KB
Chen_2014_htpvis_das.csv 149KB
Jiao_2010_TRAPseq.csv 40KB
Zhan_2015_RNAseq.csv 1.37MB
iris.txt 4KB
Zhan_2015.R 437B
Zhan_2015_DS1.txt 4.54MB
Smaczniak_2017_SELEX.csv 28KB
Zhu_2018_Table_M1.txt 8.64MB
Chen_unpublished_TFBS.out 55KB
Zhu_2018.R 1KB
Wang_2015_Supp_Table_S5.txt 3.42MB
Jiao_2010_TRAPseq.out 39KB
Chen_2018_htpvis.csv 382KB
Wang_2015.R 329B
Chen_unpublished_TFBS.csv 56KB
code
pca.plot.R 13KB
server.R 83KB
ui.R 38KB
global.R 5KB
LICENSE 34KB
HTPmod
server.R 2KB
www
bootstrap.css 149KB
module1.png 585KB
document.min.js 223KB
module2.png 478KB
module3.png 1.27MB
module3.pdf 4.52MB
about.md 7KB
module1.pdf 967KB
app-shinyjs.js 612B
global.css 477B
module2.pdf 640KB
ui.R 7KB
global.R 5KB
predmod
data
Chen_2018_biomass_prediction.csv 382KB
Smaczniak_2017_SELEX_2.csv 31KB
Chen_2014_biomass_prediction.csv 128KB
KN1137_modeling_data.csv 127KB
Song_2016_DE_regression.csv 1.25MB
AP1.bed 38KB
Smaczniak_2017_SELEX.csv 28KB
Smaczniak_2017.sh 1KB
Song_2016.sh 1KB
KN1121_modeling_data.csv 128KB
Song_2016_aag1550_Table_S1.txt 404KB
KN1130_modeling_data.csv 128KB
Chen_unpublished_TFBS.csv 56KB
AG.bed 56KB
code
models.csv 2KB
models.R 32KB
model_tags.csv 39KB
server.R 50KB
www
model_info.md 2KB
ui.R 13KB
global.R 5KB
README.md 1KB
共 78 条
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