CupidTool:Cupid：同时重建 miRNA 目标和 ceRNA 网络-开源

邱等al., Genome Research 2014 Cupid 是一种同时预测 miRNA 目标相互作用及其介导的竞争性内源性 RNA (ceRNA) 相互作用的方法。 我们表明，我们的综合方法显着提高了 miRNA 靶标预测的准确性，正如通过乳腺癌细胞系中的 mRNA 和蛋白质水平测量所评估的那样。 Cupid 分 3 个步骤实施： 第 1 步：重新评估 3' UTR 中的候选 miRNA 结合位点，如 TargetScan、miRanda 和 PITA 通过整合它们的分数、在 3' UTR 中的位置和跨物种保护推断的。 步骤 2：通过整合有关选定位点、它们的多样性以及 miRNA 表达谱与推定目标之间的统计依赖性的信息来预测相互作用。 每个预测特征的可能性是根据一个积极的黄金标准集计算的。 第 3 步：Cupid 评估推断的目标是否与预测的 miRNA 调节因子竞争。