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ExpansionHunter:估算重复大小的工具
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2021-05-05
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扩展猎人:一种估算重复大小的工具 人类基因组中有许多区域由短单位序列(通常为三聚体)的重复组成。 这样的重复区域可以扩展到比读取长度大得多的大小,从而引起疾病。 , 和是众所周知的例子。 Expansion Hunter的目的是通过对BAM / CRAM文件执行针对性的搜索来估计此类重复序列的大小,这些读取跨度,侧面和完全包含在每个重复序列中。 当前支持Linux和macOS操作系统。 执照 Expansion Hunter是根据的条款和条件提供的。 它依赖于其他开放源代码许可下提供的多个第三方程序包,有关其他详细信息,请参阅 。 文献资料 安装说明,使用指南和文件格式说明包含在。 方法 在以下论文中描述了该方法: Egor Dolzhenko,Joke van Vugt,Richard Shaw,Mitch Bekritsky等人,《从无 ,Genome Research 2017
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ExpansionHunter:估算重复大小的工具 (459个子文件)
variants.bam.bai 96B
variants.bam 155KB
repeats_realigned.bam 73KB
meson.build 5KB
meson.build 1KB
meson.build 425B
meson.build 151B
.clang-format 3KB
.clang-format 170B
.clang-format 150B
.clang-tidy 1KB
utils.cmake 2KB
GetGoogleTest.cmake 2KB
ide.cmake 1KB
spdlogCPack.cmake 1KB
google_test.cmake 454B
PathOperations.cpp 26KB
DagAlignerTest.cpp 25KB
PathOperationsTest.cpp 21KB
Path.cpp 15KB
VcfWriter.cpp 15KB
PathTest.cpp 15KB
test_pattern_formatter.cpp 14KB
LocusSpecDecoding.cpp 13KB
GappedAligner.cpp 12KB
StrAlign.cpp 12KB
GappedAlignerTest.cpp 11KB
HtsSeekingSampleAnalysis.cpp 10KB
ParameterLoading.cpp 10KB
LocusAnalyzer.cpp 10KB
GraphAlignmentTest.cpp 9KB
VcfHeader.cpp 8KB
GraphBlueprint.cpp 8KB
bench.cpp 8KB
fmt.cpp 8KB
StrAlignTest.cpp 8KB
GraphAlignmentOperations.cpp 8KB
example.cpp 8KB
BamletWriter.cpp 8KB
test_misc.cpp 8KB
LinearAlignmentOperations.cpp 8KB
PathFamilyOperationsTest.cpp 7KB
GreedyAlignmentIntersector.cpp 7KB
IntervalListTest.cpp 7KB
GraphAlignment.cpp 7KB
WeightedPurityCalculator.cpp 7KB
TwoAlleleStrGenotyper.cpp 7KB
IntervalBufferTest.cpp 7KB
latency.cpp 7KB
GraphCoordinates.cpp 7KB
LinearAlignmentOperationsTest.cpp 7KB
KmerIndex.cpp 7KB
AnalyzerFinder.cpp 6KB
CatalogLoading.cpp 6KB
PathFamilyOperations.cpp 6KB
test_async.cpp 6KB
LinearAlignment.cpp 6KB
JsonWriter.cpp 6KB
AlignmentClassifierTest.cpp 6KB
AlignMatrix.cpp 6KB
GraphAlignmentOperationsTest.cpp 6KB
async_bench.cpp 5KB
GraphJsonTest.cpp 5KB
SequenceOperations.cpp 5KB
OperationOperationsTest.cpp 5KB
SmallVariantAnalyzer.cpp 5KB
TracebackMatrix.cpp 5KB
AlignMatrixTest.cpp 5KB
HighQualityBaseRunFinderTest.cpp 5KB
KmerIndexTest.cpp 5KB
OperationsOnAlignments.cpp 5KB
Graph.cpp 5KB
OneAlleleStrGenotyper.cpp 5KB
ExpansionHunter.cpp 5KB
test_daily_logger.cpp 5KB
GraphBuildersTest.cpp 5KB
GraphJson.cpp 5KB
MateExtractor.cpp 5KB
GraphTest.cpp 4KB
LocusStats.cpp 4KB
HtsStreamingSampleAnalysis.cpp 4KB
GenomicRegion.cpp 4KB
HtsHelpers.cpp 4KB
GraphAlignmentOperationsTest.cpp 4KB
PinnedAligner.cpp 4KB
GraphReferenceMapping.cpp 4KB
GraphVariantAlignmentStats.cpp 4KB
StrGenotyper.cpp 4KB
GreedyAlignmentIntersectorTest.cpp 4KB
test_registry.cpp 4KB
AlignmentClassifier.cpp 4KB
HtsFileSeeker.cpp 4KB
AlignmentFilters.cpp 4KB
test_errors.cpp 4KB
IntervalBuffer.cpp 4KB
VcfWriterHelpers.cpp 4KB
RepeatAnalyzer.cpp 4KB
GraphCoordinatesTest.cpp 4KB
PathFamilyTest.cpp 4KB
LinearAlignmentTest.cpp 4KB
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