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PyPhyloGenomics:用于系统基因组学的软件包
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2021-07-04
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PyPhyloGenomics 用于系统基因组学的软件包 开发商 Carlos Peña(电子邮件: ) 维克多·索利斯 帕维尔·马托斯 克里斯·小麦 安装 PyPhyloGenomics PyPhyloGenomics 是在 Python v2.7 中开发的。 PyPhyloGenomics 的安装程序也会尝试下载并安装其所有依赖项。 从这里下载最新版本: : 要安装 PyPhyloGenomics 使用setup.py : python setup.py build python setup.py install 如果失败,您可以手动安装依赖项: 安装依赖 pip install -r requirements/dev.txt 肌肉 您必须安装 MUSCLE,以便 PyPhyloGenomics 可以使用它来对齐序列。 从下载并安装。 如果您使用的是 Windows,您
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PyPhyloGenomics-master.zip (56个子文件)
PyPhyloGenomics-master
MANIFEST.in 244B
requirements
dev.txt 75B
README.rst 2KB
CONTRIBUTING.rst 0B
pyphylogenomics
MUSCLE.py 10KB
_orthodb.py 4KB
NGS.py 21KB
__init__.py 400B
BLAST.py 15KB
COPYING.txt 33KB
HISTORY.rst 13KB
AUTHORS.rst 61B
.travis.yml 790B
assembly_velvet2.sh 76B
setup.py 2KB
Makefile 2KB
docs
authors.rst 28B
make.bat 6KB
readme.rst 27B
contributing.rst 33B
conf.py 8KB
usage.rst 21KB
pyphylogenomics.rst 765B
installation.rst 215B
history.rst 28B
index.rst 540B
Makefile 7KB
OrthoDB6_Arthropoda_tabtext 1.94MB
tests
test_orthodb.py 1KB
NGS
reaa.csv 67KB
_reaa.csv 67KB
reaa.fastq 406KB
ion_file.fastq 408KB
blast_data.csv 67KB
seq_record.fastq 418B
blast_table.csv 68KB
test_BLAST.py 10KB
__init__.py 0B
OrthoDB
OrthoDB6_Arthropoda_tabtext.csv 1.94MB
BLAST
queries_db2_blastn_out.csv 164B
silkcds.fa 2.55MB
queries_db1.fas 1KB
query_big.fas.gz 291KB
queries_db4.fas 940B
queries_db3.fas 1KB
query.fas 1.3MB
query_blastn_out.csv 67KB
query_blastn_output2.csv 67KB
queries_db2.fas 1KB
exons.txt 1KB
query_blastn_output1.csv 66KB
query_blastn_output4.csv 195B
query_blastn_output3.csv 197B
test_NGS.py 3KB
.gitignore 202B
assembly_velvet.sh 146B
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焦淼淼
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