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ImcSegmentationPipeline:基于像素分类的多路图像分割管线
共20个文件
cppipe:7个
cpproj:4个
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2021-02-06
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基于像素分类的异质多路复用组织图像的灵活图像分割管线 介绍 该管道基于用于分割的CellProfiler( ,已测试v4.0.6)和用于像素分类的Ilastik( ,已测试v1.3.5)。 通过使用专门开发的imctools python软件包( ,> v2.1)以及自定义CellProfiler模块( ,版本v4)可以简化此过程.2.1)。 该存储库通过分步说明展示了工作流的基础。 要运行更自动化的程序,我们建议使用Snakemake实现: : 该管道是在苏黎世大学的Bodenmiller实验室( )中开发的,用于分割数百个高度复用的成像质量细胞计数(IMC)图像。 但是,
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ImcSegmentationPipeline-main.zip (20个子文件)
ImcSegmentationPipeline-main
documentation
imcsegmentationpipeline_documentation.pdf 5.82MB
imcsegmentationpipeline_documentation.tex 29KB
setup
conda_imctools.yml 260B
cp4_pipelines
3_measure_mask_basic.cppipe 16KB
2_segment_ilastik.cppipe 12KB
1_prepare_ilastik.cppipe 8KB
LICENSE 1KB
cp3_pipelines
3_measure_mask_compensation.cppipe 26KB
1_prepare_ilastik.cpproj 450KB
3_measure_mask_basic.cppipe 22KB
3_measure_mask_basic.cpproj 1.34MB
3_measure_mask_compensation.cpproj 96KB
2_segment_ilastik.cppipe 18KB
1_prepare_ilastik.cppipe 12KB
2_segment_ilastik.cpproj 86KB
scripts
imc_preprocessing.ipynb 22KB
imc_preprocessing.py 14KB
README.md 3KB
config
20170707_example_spillmat.csv 6KB
example_panel.csv 1KB
共 20 条
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TristanDu
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