MDAPackmol:Packmol周围的MDAnalysis包装器

丙二醛 一个围绕包装 允许结合使用MDAnalysis和Packmol Packmol之后保留系统的拓扑信息（键等） 免费软件：GNU通用公共许可证v3 使用范例 import MDAnalysis as mda import mdapackmol # load individual molecule files water = mda . Universe ( 'water.pdb' ) urea = mda . Universe ( 'urea.pdb' ) # call Packmol with MDAnalysis objects as arguments # the 'instructions' allow for any valid Packmol commands system = mdapackmol . packmol ( [ mdapackmol . P