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RegressionAnalysisOfExperimentalData:构造并测试了回归模型,以将稀疏矩阵(<1%)中的...
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2021-03-26
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实验数据回归分析 准备实验数据的最新数据集非常棘手。 请在ProgressReport.pdf中找到有关如何下载,清理和构建数据的详细信息。 在SQLcommands为文本文件提供所有SQL命令,并根据PDF和下面的说明可以按顺序运行。 数据文件夹中提供了样品处理后的数据,其中包含化学活性(目标变量)和相关的环境信息,包括。 用于以后嵌入的分子(预测变量)。 SQL ChEMBl数据库-激酶蛋白家族的数据清除 寻找具有实验意义的相应实验值 搜索名称中含有激酶的靶蛋白 选择了相应的分析 筛选出200种以下化合物的分析 已删除的活动,没有发布的值,也没有结论性的评论 将pchembl_value更新为其余的published_value为NULL 删除的活动基于standard_units ='%'(140,985) 根据重复的EC50删除了活动 合并相同的重复项 删除了没有pchemb
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RegressionAnalysisOfExperimentalData-main
README.md 4KB
ProgressReport.pdf 219KB
LICENSE 34KB
SQLcommands
tid_kinases_SQLcommand.txt 7KB
createCompoundIDSQLcommand.txt 1KB
NotNULL200SQLcommand.txt 2KB
assay_id_kinases_SQLcommand.txt 406KB
deleteSQLcommands.txt 6KB
activityFilter.txt 4KB
assay_countsSQLcommand.txt 139B
createAssayIDSQLcommand.txt 2KB
listing_duplicates_from_activitiesSQLcommand.txt 882B
data
ASSAYIDS061218.csv 71KB
CMPDIDS061218.csv 5.7MB
ACTIVITIESALL061218.csv 5.05MB
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Demeyi-邓子
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