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RS_NMA:在内部坐标下实现法线模式分析,以与Robosample软件一起使用
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2021-04-08
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RS_NMA 在内部坐标中实现正常模式分析,以与Robosample软件一起使用。 注意:iMod不是我开发的,并且我与它的开发者没有任何关系。 iMod主页: ://chaconlab.org/multiscale-simulations/imod
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RS_NMA-main.zip (68个子文件)
RS_NMA-main
Input
Trimer.NoGlyc_PostMin.pdb 4.39MB
Trimer.Glyc_PostMin.pdb 5.64MB
Aper.pdb 400KB
robosample.py 51KB
iMod
iMOD_v1.04_Linux
imod_test
funcTOP.txt 119B
1ab3.pdb 56KB
1oel.ccp4 256KB
1cwp_prot.pdb 13.72MB
1aon.ss 6KB
dssp2ss.pl 2KB
1aon.ccp4 292KB
ccmv_swln_1_full.vdb 13.72MB
1oel.pdb 289KB
funcCX.txt 64B
funcHE.txt 96B
1cwp_prot_20A5.ccp4 1.29MB
1aon.pdb 289KB
funcTSS.txt 170B
README 5KB
bin
imc_gcc 4.56MB
imodview 9.04MB
imode_mkl 2.83MB
imove_gcc 4.52MB
imove 3.35MB
imc 2.52MB
imorph_mkl 2.84MB
imorph_gcc 12.16MB
imodview_gcc 4.99MB
imode_gcc 7.59MB
Output
Spike_Mode1.pdb 24.81MB
Spike.NoGlyc_Mode8.pdb 20.2MB
Spike.NoGlyc_Mode4.pdb 20.2MB
Spike.NoGlyc_Mode1.pdb 20.2MB
Apel.vmd 17KB
Spike.NoGlyc_Mode3.pdb 20.2MB
imode_ic.evec 230KB
Aper_ic.evec 230KB
Aper.fix 3KB
Spike_Mode10.pdb 24.81MB
Spike.NoGlyc_Mode10.pdb 20.2MB
SpikeTrimer.NoGlyc_ic.evec 2.49MB
imove_1.pdb 1.85MB
imode_model.pdb 172KB
Spike.NoGlyc_Mode7.pdb 20.2MB
imove_10.pdb 1.85MB
Spike.NoGlyc_Mode9.pdb 20.2MB
Spike.NoGlyc_Mode2.pdb 20.2MB
Spike.NoGlyc_Mode5.pdb 20.2MB
SpikeTrimer.log 103B
SpikeTrimer.NoGlyc.out 2KB
Aper.log 96B
temp.sh 173B
SpikeTrimer.NoGlyc.log 127B
SpikeTrimer_model.pdb 2.26MB
SpikeTrimer.NoGlyc_model.pdb 1.84MB
Spike.NoGlyc_Mode6.pdb 20.2MB
Aper_model.pdb 172KB
Explanation.txt 410B
SpikeTrimer_ic.evec 3.8MB
imode.log 73B
iModScript
TrimerChainA.min.inpcrd 373KB
test.py 432B
TrimerChainA.prmtop 4.34MB
test.flex 5KB
NMAFlex.py 13KB
LICENSE 34KB
README.md 271B
.gitignore 43B
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