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swedish-genomes:瑞典拟南芥品系的大量基因组变异和强选择
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瑞典拟南芥品系的大量基因组变异和强选择 Long Q, Rabanal FA, Meng D, Huber CD, Farlow A, Platzer A, Zhang Q, Vilhjálmsson BJ, Korte A, Nizhynska V, Voronin V, Korte P, Sedman L, Mandáková T, Lysak MA, Seren Ü, Hellmann I , Nordborg M (2013) 来自瑞典的拟南芥品系的大规模基因组变异和强选择。 Nat Genet 45:884-890。 基因型文件 我们总共鉴定了大约 4.5M SNP、576k 短插入缺失、23k 转座元件、7.7k CNV,以及 3.8k 其他结构变体(大于 200 bp)。 以下文件可用: (外部托管在 NCBI 跟踪 SRA) 单核苷酸多态性 (+注释) (+ 注释)
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swedish-genomes-master.zip (68个子文件)
swedish-genomes-master
Indels
imputed
small.s.2.filled.imputed.4g.e.csv.lzma 10.13MB
small.s.2.filled.imputed.4g.e.info.zip 11.94MB
README.MD 2KB
original
samtools.2.1.s.filled.e.noimpute.annotation.zip 14.89MB
samtools.2.1.s.filled.e.noimpute.info.zip 4.14MB
samtools.2.1.s.filled.e.noimpute.csv.lzma 10.09MB
README.md 2KB
SV
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big.s.filtered.4g.dt.csv 1.33MB
dup.info 356KB
M01_TE_1000_1000_reads30_acc5.csv 9.03MB
dup.csv 2.76MB
README.txt 3KB
M01_TE_1000_1000_reads30_acc5.info 1.88MB
SNPs
snps.info.zip 61.6MB
imputed
chr2.lzma 9.46MB
chr3.annotation.zip 9.1MB
chr4.annotation.zip 7.17MB
chr3.lzma 12.31MB
chr1.lzma 13.48MB
chr2.annotation.zip 7.41MB
chr1.annotation.zip 10.87MB
chr4.lzma 9.26MB
chr5.lzma 11.77MB
chr5.annotation.zip 9.58MB
README.MD 2KB
original
chr2.lzma 14.51MB
chr3.annotation.zip 9.63MB
chr4.annotation.zip 7.57MB
chr3.lzma 18.87MB
chr1.lzma 19.89MB
chr2.annotation.zip 7.85MB
chr1.annotation.zip 11.39MB
chr4.lzma 14.05MB
chr5.lzma 17.61MB
chr5.annotation.zip 10.07MB
programs
denovosv
combine_denovo_sv.py 9KB
scaffolds.py 25KB
sample_combined_sv.txt 64KB
argparse.py 85KB
6901.scafSeq 53KB
6901.scafSeq.blast6 3KB
6901.raw 626KB
denovo_sv.py 2KB
README 2KB
mach_scripts
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ImputeData.py 27KB
Run_MACH.py 8KB
vardata.py 31KB
LAE-finder
bin
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LAE-finder 86KB
groupINVs.pl 2KB
src
main.cpp 3KB
general.h 2KB
samFile.h 1KB
SVs.h 3KB
SVs.cpp 41KB
samFile.cpp 9KB
README.MD 5KB
files
primers.xlsx 50KB
genome_size180.csv 10KB
sweeps.xlsx 16KB
genes_in_transposition.xlsx 41KB
northAndSouth.csv 3KB
genome_size36.csv 2KB
sweep_knob.csv 30KB
candidate_alignments.zip 201KB
sequencing_statistics.csv 9KB
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