example-datasets:与RiboViz一起运行的示例数据集资源-CSDN文库

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example-datasets-master.zip （74个子文件）

example-datasets-master

simulated

mok

contaminants

Sc_rRNA_example.fa 170B

Sc_rRNA_example-fasta_provenance.txt 490B

annotation

Scer_YAL_5genes_w_250utrs.gff3 848B

tiny_2genes_20utrs.fa 120B

tiny_2genes_20utrs.gff3 307B

Scer_YAL_5genes_w_250utrs.fa 11KB

tiny_2genes_20utrs_annotation_provenance.txt 518B

Scer_YAL_5genes_w_250utrs_annotation_provenance.txt 567B

Mok-tinysim_config.yaml 3KB

Mok-simYAL5_config.yaml 3KB

README.md 773B

LICENSE 11KB

protista

README.md 332B

animalia

README.md 169B

plantae

README.md 164B

bacteria

escherichia

contaminants

Escherichia_coli_K12_rrna_trna.fa 58KB

Escherichia_coli_REL606_rrna_trna.fa 40KB

Escherichia_coli_K12_rrna_trna_provenance.txt 621B

annotations

Escherichia_coli_REL606_CDS_w_25utrs.fa 4.13MB

Escherichia_coli_asite_disp_length.txt 437B

Escherichia_coli_K12_CDS_w_25utrs.gff3 733KB

Escherichia_coli_K12_CDS_w_25utrs_annotation_provenance.txt 1KB

Escherichia_coli_K12_CDS_w_25utrs.fa 4.11MB

Escherichia_coli_REL606_CDS_w_25utrs.gff3 676KB

Woolstenhulme_2015_3_prime_mapping_RPF_2-samples_CDS_w_25utrs.yaml 3KB

Favate_etal_2021_ltee_translation_multiplexed_barcodes.tsv 109B

Morgan_etal_2018_heat_stress_9-samples_CDS_w_25utrs.yaml 4KB

Favate_etal_2021_ltee_translation_multiplexed_CDS_w_25utrs.yaml 3KB

README.md 352B

archaea

haloferax

contaminants

Haloferax_volcanii_DS2_H98_rRNA_tRNA_provenance.txt 666B

Haloferax_volcanii_DS2_H98_rRNA_tRNA.fasta 22KB

annotations

Haloferax_volcanii_DS2_H98_CDS_w_25utrs_annotation_provenance.txt 2KB

Haloferax_volcanii_DS2_H98_CDS_w_25utrs.gff3 731KB

Haloferax_volcanii_DS2_H98_CDS_w_25utrs.fa 3.51MB

Haloferax_volcanii_asite_disp_length.txt 437B

Gelsinger_etal_2020_FFC_MNase_samples_CDS_w_25utrs.yaml 4KB

README.md 161B

.gitignore 38B

fungi

neurospora

contaminants

Neurospora_crassa_NC12_rRNA_tRNA.fa 374KB

Neurospora_crassa_NC12_rRNA_tRNA_provenance.txt 472B

Yu_2015_Nc_CDSplus120_config.yaml 2KB

annotation

NC12_CDS_120bpL_120bpR.gff3 1.38MB

NC12_CDS_with_120bputrs.fa 16.82MB

NC12_CDS_with_120bputrs_provenance.txt 800B

candida

contaminants

Candida_albicans_rRNA_tRNA_fasta_contaminants_provenance.txt 576B

Candida_albicans_rRNA_tRNA.fa 78KB

Muzzey_2014_RPF_3-samples_CDS_with_120utrs_config.yaml 2KB

annotation

Candida_albicans_CDS_with_120utrs.gff3 1004KB

Candida_albicans_CDS_with_120utrs_annotation_provenance.txt 1KB

Candida_albicans_CDS_with_120utrs.fa 10.27MB

saccharomyces

Gupta_2018_tRNA_Modification_Carbon_Nitrogen_Metabolism_RPF_9-samples_barcodes.tsv 128B

Gupta_2018_tRNA_Modification_Carbon_Nitrogen_Metabolism_RPF_9-samples_CDS_w_250utrs_config.yaml 4KB

contaminants

Saccharomyces_cerevisiae_yeast_rRNA_R64-1-1.fa 15KB

Saccharomyces_cerevisiae_yeast_rRNA_R64-1-1-fasta_provenance.txt 586B

Brar_2012_Meiosis_RPF_6-samples_CDS_w_250utrs_config.yaml 4KB

annotation

Saccharomyces_cerevisiae_yeast_CDS_w_250utrs_annotation_provenance.txt 1KB

Saccharomyces_cerevisiae_yeast_CDS_w_250utrs.fa 11.05MB

Saccharomyces_cerevisiae_yeast_CDS_w_250utrs.gff3 885KB

Lareau_2014_Replicates_RPF_3-samples_CDS_w_250utrs_config.yaml 4KB

Weinberg_2016_RPF_1_sample_cerevisiae_CDS_w_250utrs_config.yaml 4KB

README.md 851B

cryptococcus

Wallace_2020_JEC21_2-samples_10p_up12dwn9_CDS_120bpL_120bpR_config.yaml 4KB

contaminants

JEC21_rrna.fasta 5KB

H99_rrna-fasta_provenance.txt 522B

JEC21_rrna-fasta_provenance.txt 1KB

H99_rrna.fasta 6KB

annotation

JEC21_10p_up12dwn9_CDS_120bpL_120bpR.gff3 967KB

JEC21_10p_up12dwn9_CDS_with_120bputrs.fa 12.1MB

H99_10p_up12dwn9_CDS_120bpL_120bpR.gff3 1.04MB

H99_10p_up12dwn9_CDS_with_120bputrs.fa 12.17MB

H99_10p_up12dwn9_CDS_with_120bputrs_provenance.txt 1KB

JEC21_10p_up12dwn9_CDS_with_120bputrs_provenance.txt 1KB

Wallace_2020_H99_4-samples_10p_up12dwn9_CDS_120bpL_120bpR_config.yaml 4KB

README.md 8KB

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苏咔咔

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